1943年7月16日，周恩来返回延安，准备参加中央核心层的路线检讨。周恩来一返回，就发现由他直接领导的国统区中共地下党已被诬为国民党特务组织“红旗党”，给周恩来造成巨大压力。周恩来本人甚至也受到康生的怀疑，认为周等“在白区天天与国民党接触，靠不住”。周恩来一方面为许多被康生机关及各单位关押的原部下写证明材料，另一方面，周在与李维汉等谈话时，明确表示不存在所谓“红旗党”，国统区中共地下党的情况是清楚的。周恩来此时在党内的地位十分软弱，且是带罪之身。但他仍直接向毛泽东进言，表示了自己对运动的看法。
除了周恩来，敢于向毛泽东表达怀疑的还有任弼时和张闻天。任弼时此时处于权力核心，但他为人较为正直，对毛的一些做法颇不以为然。毛虽感觉到任弼时有些碍于碍脚，但为了利用他作为老干部的象征，分化打击王明、周恩来等，故对任弼时仍予以容忍。在1943年秋冬之际，任弼时两次向毛泽东提出“抢救”的严重弊端，要求予以纠正。
和处于权力核心的任弼时相比，张闻天早已成为失势人物，且正处在被批判斗争的地位。然而，张闻天却直接向康生表示他对“抢救”成果的怀疑，他明确告诉康生，社会部所编辑的《防奸经验》全是假的。和那些明哲保身的其它高干相比，张闻天全不计较个人得失，显示出他身上仍保有一些书生本色。
高岗在整风、“抢救”中原是一个“积极分子”，但随着“抢救”不断深入，他也感到似乎出了问题。据师哲透露，高岗曾向毛泽东反映，抢救的“作法过激”。
在次一级的负责干部中，也有人通过不同的方式，向毛泽东和中共中央表示对“抢救”的怀疑和反对，在这些人中，最具胆识的是原八路军驻二战区办事处主任王世英和社会部治安科科长陈龙。
1942年整风运动开始后，王世英被调回延安，先在王家坪中央军委学分会工作，后调入中央党校参加整风学习。整风转入审干后，王世英参加了党校的审干小组。但是很快就对运动产生了怀疑，一些过去受王世英领导、在白区从事秘密工作的同志，被人揭发成为“特务”；王世英在经手调查党校“特务”的案件时，也发现指控与事实不符。对此，王世英在支部会上公开表示了对运动的怀疑，并写出了〈关于请求中央纠正抢救失足者运动过左问题的报告〉，上书毛泽东、刘少奇、康生。王世英在这份报告里，明确提出运动发展已经过“左”，要求中央予以纠正，并以自己的党籍和脑袋作担保，为已被打成“特务”或“特嫌”的钱来苏、白天（即以后成为名作家的魏巍）等六人申诉。在这六人中，由王世英亲自介绍前来延安的钱来苏受到长期怀疑，一直未能解脱；另两人也在车轮战下供认自己是“特务”。王世英上书的举动引起康生的强烈反弹，康生连夜给王世英覆信，指责王是“主观主义”、“好人观点”。在中央学委会上，康生当面责骂王是“大自由主义者，想逞英雄”，威胁王世英“有几个脑袋”？不久，果然出现了针对王世英的行动，在中央党校千人干部大会上，有人公开指认王世英和孔原是“大特务”。王世英虽然受到“抢救”的波及，但是毛泽东与他曾有过多次个别接触，对王世英在山西开展的统战和情报工作较为满意，因此，王世英并没有因上书反对“抢救”而遭致较大的不幸。以后他在〈自传〉中提及此事时说：“问题虽然提出来了（指有人诬指王为”特务“一事），始终没有向我开火，说明中央是很关心我和爱护我的，而且说明也是很了解我的。”
在王世英为反对“抢救”上书之际，领导“抢救”的社会部内也有工作人员对运动表示了怀疑。治安科长陈龙当面向顶头上司康生陈述他对运动情况的不理解。依照规定，杜会部治安科每周要写一份简报，分送毛泽东、刘少奇、朱德、任弼时、康生等五至七人，陈龙和社会部工作人员甘露通过这份手写的材料，曲折向毛等表示对运动的异议。经陈龙等汇总的材料上有详细的统计数目，具体反映各单位运动进展情况：奸细、特务的比例，自杀身亡人数，被关押人数等。材料的最后结论是：延安各单位50%以上的干部已被抢救。陈龙等整理的资料依正常程序上报后，中央总学委原计划开持续七天的延安党、政、军、学校参加的全市规模的“抢救”大会，结果开到第三天就没再继续下去。当然，不召开全市抢救大会，并不表明运动就降温了，陈龙等毕竟不能真正影响毛泽东的决策，以后，各机关、学校在内部继续开抢救大会，挖出来的“特务”、“内奸”比以前更多。
在延安的中共高层领导干部对“抢救”极端行为的不满议论，通过种种渠道传到毛泽东那里，然而毛泽东何尝不知道这些人的态度，他所关心的并非是他们的不满——毛泽东所要的是另一种效果，这就是，即使中共高层领导干部腹有怨言，但绝大多数人已不敢在他面前陈述。毛泽东借助审干、反奸、抢救达到了他多年来一直孜孜追求的目标，从精神上完全控制住昔日这批敢于与他面争的同僚。
