缺点
如果说优点就这么多，下面就是多如繁星般的问题了。
1. 高发的故障率
对于冲锋枪来说，既然是近战武器，可靠性是极为重要的。比如著名的MP5冲锋枪，乌兹冲锋枪，它们的可靠性都是无与伦比的。
而79式冲锋枪的故障率极高，到了让人无法忍受的地步。
还是李兴洪参谋回忆：
在平远缉毒战役中为抓捕武装毒贩马慈林，武警云南总队三支队二中队副中队长庞如宝同志、云南省马关县公安局民警苏太德同志、云南省砚山县公安局民警高文亮同志光荣牺牲。两名同志的牺牲都与79式冲锋枪的故障有关。抓捕马慈林的小分队由三支队二中队10名战士和马关县公安局5名民警组成，苏太德任队长，庞如宝任副队长，17个人中多数使用79式冲锋枪。武装毒贩马慈林使用56式自动步枪。马匪当过兵，自恃弹药充足，依托马家的三层楼房进行顽抗。小分队靠火力交替掩护突破了马家两道院墙，冲入楼内，其间多支79式冲锋枪都猛烈射击，这为后来的两次故障，一次弹尽埋下了隐患。
苏太德在战斗打响后，一直冲在前边，当战友董云亮负伤后，苏太德用79式冲锋枪以猛烈的火力进行掩护。战友救出来了，他却因79式冲锋枪射速太高耗尽了5个弹夹内的枪弹，当他从战友身上抓起第3枚手榴弹投向马匪时，一颗罪恶的子弹击中他的头部……
高文亮在激战中发现战友罗杰的79式冲锋枪卡壳了，他大声喊：“罗杰，我来掩护你，快撤。”就在罗杰跳出窗外的瞬间，高文亮被藏在暗处的马匪击中，倒在血泊了之中。
李兴洪参谋回忆又回忆：对于79式冲锋枪的缺陷我们中队在平远缉毒战役之前就有认识。战前我在三支队特勤中队当战士，我中队接到抓捕武装毒犯马明的任务后，便在废弃的民房中进行实弹演习，演习前，抓捕小分队的官兵都配发了79式冲锋枪。可刚进入推演，几个点射下来，一支79式冲锋枪的活塞就被打飞，活塞飞入山沟的灌木丛中找不着了。我们中队长石伟章同志（现任武警玉溪支队支队长）是一位具有丰富实战经验的军人，他敏锐地意识到79式冲锋枪的缺陷在实战中将会给参战官兵造成重大危害，于是果断地命令小分队成员全部改用可靠性强的81式自动步枪，将故障频发的79式冲锋枪锁进了仓库。
实战证明，我们中队长的决策是完全正确的。在抓捕马明的战斗中，我们使用射速700发/分的81式自动步枪，看准目标适时射击，采取的战术也很得当。马明躲进楼内后，我们不见马匪不开枪，同时投掷催泪弹，几分钟就迫使其翻墙逃跑，当马匪暴露在野外后，防暴班长王德云用81式自动步枪一个点射将其送入地狱。而我抓捕小分队无一伤亡。
79式冲锋枪之所以有如此高的故障，其实完全是设计上的问题。
79式冲锋枪内部结构完全仿造AK47，而AK47是世界上可靠性最好的步枪。原因并不在于AK47，而在于AK47是体积大得多的自动步枪，79式冲锋枪却是小得多的轻型冲锋枪。
如果79式冲锋枪仅仅是简单的缩小，还并不会有如此多的故障。苏联著名的K74U短突击步枪也就是AK74的缩小版本，实战证明，K74U短突击步枪的可靠性很好。该枪体积、重量如冲锋枪，使用5.45毫米尖头小口径步枪弹，导气孔严格仿AK47设计在枪管膛压曲线的低压区，依然保持着AK47步枪600发/分的适中射速的优秀性能。
这一切的关键在于中国人自己的改动。当时是文革时期，79式冲锋枪作为我国自行设计制造的冲锋枪，政治任务压在头上，也不能完全仿造当时是敌人的苏修，必须有所改变。
如果完全仿造，那么就有崇拜苏联修正主义之嫌，在当时，那就是批斗，抄家，甚至入狱。
所以，哪怕明知道苏制设计是经过千锤百炼的成熟设计，79式冲锋枪也要故意和它不同。
79式冲锋枪采用枪机回转式开、闭锁方式，为发生严重的卡壳、卡弹故障埋下了可怕的隐患。
冲锋枪采用的并非是56式冲锋枪那种尖头自动步枪弹，而是钝头51式手枪弹。这种手枪弹在中国已经使用了多年，由于军工厂加工技术不一，导致子弹的底缘厚度普遍不均，会有细微的差距。自然，这对于85式冲锋枪这类自由枪机式惯性闭锁的冲锋枪来说，根本不算什么。因为弹壳可在火药燃烧气作用下自动退出弹膛、自动抛壳。
但对79式冲锋枪这种采用独特的导气式武器，拉壳、抛壳却颇为困难，由于拉壳钩抱不紧弹壳底缘，致使在高加速度开锁、后坐撞击震动过程中，易将弹壳震掉，产生卡壳故障。
至于卡弹故障，则是由于79式冲锋枪采用机头前端回转闭锁结构，机头闭锁齿回转占据了枪管尾端后面的一大部分空间，迫使弹夹位置向下、向后，枪弹的钝头入膛需要走一段距离。
距离一长，问题就多多，子弹很容易在半路上被卡住。
解决这个问题也不复杂，像56式冲锋枪一样使用尖头弹即可。
苏联AK74U短突击步枪在AK74自动步枪基础上，缩小体积后坚持采用尖头步枪弹，就是避免这个问题。
可惜当时要求79式冲锋枪全重必须在2公斤以下，依靠当时的中国落后的技术、材料难以减重，只得采用钝头手枪弹。
总之，卡壳卡弹，完全是设计问题，早在设计之初就已经可以预计到。
除此以外，最大的故障就是单打连。也就是打单发，打出了连发。
由于79式冲锋枪射速高，装弹量小，有经验的射手一般都是单发射击。
没想到的是，该枪又极易发生保险定在单发，而打出连发的情况。这种单打连状况如果发生在容弹量高的枪上，比如30发的AK47，也许影响还不大。可该79式冲锋枪的弹容量仅仅20发，一个“单打连”就会耗去大半，让射手没有弹药了，这在实战中又是致命的。
2．过高的射速和过小的装弹量
79式冲锋枪的射速高达1000发/分钟，这是全世界射速最高的冲锋枪，而它的装弹量只有20发。
如果全自动射击，只要1.2秒钟就能打光一个20发弹匣。大家可以想想看，1.2秒是什么概念，一般人根本来不及反应，子弹就打光了。
而一般射手最多只携带5个弹匣，这区区100发子弹很容易就打光了。
换句话说，如此高的射速，即使不连射，20发子弹几个点射就会全部打完。而军警在实战中一般会比较紧张，本能地扣动扳机不放，那么区区20发子弹2，3秒钟也就打掉了。此时冲锋枪手要么换弹夹，要么只能撤退。
由于射速太快，往往冲锋枪在探身射击的一瞬间，子弹就没有了，下面只能被动挨打。
除此以外，枪在全自动和三连发射击时候的精度也很难把握，说到底，这还是设计原因。
为了控制连发上跳，枪托和枪管必须在同一条轴线，比如M16系列。这样也有一个缺陷：瞄准具偏高，射手头部暴露面积比较大。
中国枪械一直比较强调降低射手头部高度，增强隐蔽性，所以新冲锋枪枪托有所降低，和枪管不在一条轴线上，这样射击以后后座有一个很明显的翻转力矩，加之枪重太轻，只有1.9千克，射速1000/分钟，枪口跳动剧烈，连发基本上无法控制，三连发也需要一定的射击经验才好控制。
实战中，由于射速太快，在连发时对射手要求很高。没有经过完善训练的军警，在连发射击中，根本不能有效命中目标。
1998年9月19日凌晨，云南省镇康县公安局禁毒大队3名民警在中缅边境的丛林地带与3名武装毒贩遭遇，双方展开射击后，民警携带的两支79式冲锋枪一支卡壳，另一支因射速过高，几个点射就打光了携带的子弹。此时一名毒贩欲投手榴弹，3名民警靠着不怕牺牲的精神，一起抓起地上的石块砸向毒犯，将其砸得昏死过去才没挨炸。可见79式“丛林冲锋枪”在丛林战中，也存在问题。
2004年8月30日，云南省临沧市凤庆县公安局禁毒大队三名民警携带64式手枪两支，79式冲锋枪一支，到茶马古道上的“黑山门”抓捕两名武装毒贩。抓捕行动开始后，毒贩王江伟持54式手枪突然开枪，禁毒大队副大队长吴光林头部中弹，不幸牺牲。持79式冲锋枪的民警虽立即开枪还击，却射速过快，在击伤一名毒贩后枪弹耗尽。在毒贩两支54式手枪的火力攻击下，中队长陈志云中弹负伤，两名毒贩逃跑。凤庆县公安局组织大批警察、武警追捕，经过八天围追堵截，终在群众举报的帮助下抓获一名毒贩，击毙另一名负隅顽抗的毒贩。
射速如此之快，其实也是因为所谓“自我创新”的改动。
79式冲锋枪仿造AK47，而天才的卡拉什尼科夫经过长年的研究，将AK47的导气孔开在距离弹膛比较远，距离枪口比较近的枪管内，这样进入活塞气室的气压比较低，由此带来射速比较低的优点。使用大威力，装弹1.6克的自动步枪子弹，也只有每分钟600发，射手容易控制，射击精度较好。
而中国设计者明明知道AK47才是最完美的设计，却仅仅因为所谓中国自产的冲锋枪，必须和苏联的不同，进行了自己的改动。
于是，中国设计师煞费苦心的将导气孔在原来AK47枪管上的位置作了很大改动，这可谓20世纪最愚蠢的改动。
这一改，并没有获得任何好处，却把AK47最大的优势，也就是可靠性改没有了。
79式冲锋枪把导气孔开在距离弹膛比较近，距离枪口比较远的枪管内，这样进入活塞气室的气压非常高，由此带来射速很高，高达每分钟1000发。
79式冲锋枪愚蠢的所谓创新，导致理论射速甚至超过了二战期间射速第一的德军MG42通用机枪（1400发/分钟）。
MG42通用机枪毕竟是重量大，结构坚固的机枪，采用弹鼓也有75发装弹，所以能够承受得了这么高的射速。
79式冲锋枪则完全不可能承担，一开枪就要散架。退一万步说，就算枪能够承受，也没有一个射手能够有效操作这把枪。恐怕一开枪，射手的手臂就被弹飞了。
中国设计师焦头烂额、无奈之下，只得使用装药仅为0.6克的手枪弹，又采取了活塞与枪机分离、增加缓冲垫等措施（由缓冲垫座和橡胶垫组成，吸收自动机多余的后坐能量，起到缓冲后坐的作用），射速仍高达1000发/分。
