在毛泽东要整肃的干部花名册中，除了彭德怀之外，陈毅是另一个需要“补课”的高级领导人。
1944年3月，陈毅从华中根据地返回延安，这是他自1934年与中央分别后，十年来第一次与昔日的同志会合，但是陈毅来延安后却承受着巨大的精神压力。1943年10月，新四军政委饶漱石在新四军军部领导层，就陈毅在红军初期与毛泽东不和的旧事，对陈毅展开斗争，饶漱石等指责陈毅一贯反对毛泽东。饶漱石是刘少奇的亲信，1929年刘少奇即与饶漱石相识。当时，担任满洲团省委书记的饶漱石曾陪同刘少奇同去哈尔滨指导工运。刘少奇在干部使用方面极重个人渊源，1938年后，随着刘少奇在中共党内地位的上升，刘逐渐将历史上与其有旧谊的同志集合在自己的身边，予以提拔和重用。
1942年，刘少奇奉命前往延安之前，委派饶漱石接替他所担任的中共华中局书记和新四军政委两职。饶漱石在三十年代长期在共产国际工作，无论从党内资历和贡献看，饶漱石均不能与陈毅相比。刘少奇在新四军依靠文职干部出身的饶漱石掣肘陈毅等，这一切当然都被毛泽东看在眼里，毛乐得借刘少奇、饶漱石之手，打击当年曾与自己意见相左的陈毅。因此，饶漱石在对待陈毅的态度上，十分骄横，有恃无恐，显然没有刘少奇、毛泽东的明谕或暗示，饶漱石不可能也不敢对陈毅开展批判。
在陈毅与饶漱石的矛盾、争论中，毛泽东非常明显地袒护饶。毛向陈毅明确表示，不愿听他谈与饶的争论，实际是在等待陈毅主动作出自我检讨，也就是向毛低头认错——1929年红四军第七次党代会上，由陈毅取代毛之前委书记的错误。为了当年这一“过错”，陈毅已付出沉重代价。
1929年后，陈毅一直受到毛泽东的冷遇。在1930至1931年的“肃AB团”的镇压中，毛泽东的亲信、红一方面军肃反负责人李韶九准备对陈毅下手，陈毅对此已有预感。不久，陈毅果真被扣押，并遭到殴打，硬要陈毅承认是“AB团”，刚好被路过的毛泽东发现，才被救下。以后，毛泽东将打土豪得来的一些金子交陈毅保管，陈毅才知道自己已无生命之虞。
1932年初，周恩来抵中央苏区后，陈毅受冷遇的情况也没有得到明显改善。周恩来为了安抚毛泽东，没让陈毅重回红一方面军，陈毅仅担任江西军区司令员，远离红一军团和红三军团，与毛泽东的关系也比较疏远。时隔十年后，对于毛泽东的冷淡，陈毅完全明白其中之原委，陈毅难抑心中的郁闷，多次向一些重要领导干部解释当年红军内部争论的内情，并且承认自己对此负有责任。陈毅性格豪爽，认为十年不见的毛泽东确实比其它中央领导人高明，心悦诚服地接受了毛泽东为中共领袖的事实。
陈毅并努力去发现毛泽东对中共革命的贡献，1942年陈毅远在盐城新四军军部时就发表文章，满怀激情地称颂毛的创造不仅对全民族具有伟大意义，甚至还可供其它各国所效法。返回延安后，在参与起草七大军事报告的过程中，陈毅提出了“毛泽东军事学派”的概念，并且相应批评红军时期某些重要军事领导人的“错误”，在1945年3月中共六届七中全会主席团讨论陈毅起草的〈建军报告〉时，一些被陈毅的报告所触及的军队领导干部，“有人潸然落泪，有人唏嘘”。
毛泽东对于陈毅的态度有别于彭德怀。相比于性格孤傲的彭德怀，陈毅对于毛泽东显出尊崇、信服的态度。毛认为陈毅心直口快，而彭德怀则城府很深。所以，陈毅除了自我检讨外，没有遭到大规模的斗争。但是，毛泽东并没有完全信任陈毅，在陈毅与饶漱石的矛盾中，毛有意逼迫陈毅向饶低头。中共七大结束后，陈毅仍滞留延安，“天天下围棋”。当薄一波前去探望陈毅，问他为何不立即返回新四军时，陈毅回答道，“他们不让我走”。他们者，毛泽东、刘少奇也。毛、刘非逼陈毅表态服从饶漱石，才肯放陈毅返回华中，然而陈毅硬是不表这个态。1945年8月，日本投降消息传来，陈毅表示愿去东北，并陈述在华东“没有事做，不起作用”，但陈毅的要求却不被毛泽东、刘少奇批准。毛命令陈毅前去华中，党内职务为华中局副书记，仍在饶漱石之下。毛此举除了有意造成陈毅与饶漱石之间的互相牵致，也还有疑忌陈毅的另一层涵义。是故，1949年后，各大区军政委员会主席都是由各大军区司令员担任，只有华东例外，由饶漱石担任。
中共七大前后，毛泽东还策划召开了一系列中共各革命根据地、各部队历史问题座谈会，这些座谈会的宗旨只有一个：检查历史上谁反对毛泽东，谁支持毛泽东。在这类座谈会上，一些原党和军队领导人，如邓发、朱瑞、杨尚昆等均受到与会者的批评。在当时的紧张气氛下，一些战功卓著的红军将领被戴上“经验主义”或“教条主义”的帽子，遭受指责和冷遇。
毛泽东整肃内部，重建新权威，一路凯歌行进。现在，毛泽东在心理上已彻底征服了党和军队的领导人，毛泽东“改造中央”的前提——宣布中共政治路线在遵义会议前为左倾机会主义性质，已被党的领导人所接受。党和军队的领导人也纷纷作出检讨，下一步就是通过正式的会议，将这些用党的文件形式固定下来，毛终于决定召开中共七大的预备会议——中共六届七中全会。
