中央民运工作委员会在1943年3月20日后统由以刘少奇为书记的中央组织委员会领导，邓发任书记，民运委员会下辖中央妇委、中央职工委员会和中央青委。在“抢救”中，妇委、职委大搞极左，“纷纷突破”，青委正式工作人员只有四人，已经“抢救”了两人，但仍受到上级的多次批评。当时在中央青委工作的蒋南翔深感，“如不气势汹汹的威逼镇压，大喊大叫，那就不但要在如火如荼的抢救高潮中显得落后，而且会被认为是对反特斗争消极怠工，是对特务没有义愤”，因为民委负责人邓发就曾援引毛泽东〈湖南农民运动的考察报告〉，说反特、抢救“好的很”。
在中直机关被整肃的另一个重要干部是当时担任中央组织部秘书长的武竟天。抢救运动展开后，武竟天遭到斗争关押，其理由是武竟天在北平上学期间，曾向一意大利籍的传教士学过外语，就凭这一条，武竟天被扣上“意大利特务”的帽子。
在抢救运动中，中直机关的一般干部更是受到冲击。据当时在中央办公厅秘书处工作的曹瑛回忆，蔡畅领导下的中央妇委一名余姓女同志，年龄尚不足二十岁，就被认定参加了“红旗党”。为“抢救”她，特在杨家岭礼堂召开群众大会，“头天晚上开大会，一直搞到第二天天亮，非说她参加了‘红旗党’不可。大会不断高呼口号，也有漫骂的”，会议主持人威胁道，“不坦白，加倍治罪”，但是小余“死也不承认”。正在病中的吴玉章听说这件事，拄着棍于来到会场。年高德劭的吴玉章见到这种斗争场面，难过地流下了眼泪，他哭着劝说道，“小余呀，你就承认了吧”。最后，小余被迫承认自己参加了“红旗党，是特务，来延安是搞破坏的”。
在深挖“红旗党”的高潮中，1935年的“一二九”运动也被怀疑为是国民党“红旗政策”的产物，直至1944年4、5月间，还能听到这种说法，一些单位仍“把它作为审查干部的尺度”。
中央办公厅秘书处是专为毛泽东和中央书记处服务的机要部门，当时有六十余名工作人员，这些工作人员在调入中办时，都受过严格的审查，但是在抢救运动中，还是有十几人被打成“特务”。在电讯科工作的密家凡，原是湖北地下党派到延安参加七大的代表，因七大缓开，被借调来秘书处工作。密家凡被别人咬为“特务”后，秘书处连续几天开会对他进行“抢救”，与会者向他提出各种问题，诸如“你在白区工作，你被特务、内奸包围得水泄不通，你一定是叛变当了特务”，密家凡据理反驳，拒不承认。最后在一个半夜里，社会部派来一辆马车把他抓走，关进了西北公学。
抢救运动袭来，甚至毛泽东身边的工作人员也难于幸免。在毛泽东身边工作的公务员罗海章、苟兴录也被江青当作“坏人”，被送入西北公学去接受“抢救”。毛并没有出面予以干预。
中社部是领导延安“抢救”运动的权势机关，然而中社部工作人员在审干、“抢救”运动中也蒙受了冲击。中社部治安科科长陈龙的妻子海宇原是中国女子大学的学生，社会部为促成陈龙的婚姻，于1941年8月，经严格审查，将海宇从女大调入中社部工作，经中杜部批准，1942年11月7日，陈龙与海宇结婚。但婚后不久，海宇就因河南“红旗党”问题（海宇为河南地下党员），被集中到西北公学受审，陈龙有一年多时间不得与海宇见面，直到1944年后，在中社部重要干部陈刚（何叔衡的女婿）的帮助下，海宇才被解除了审查。陈刚也保护了中社部机要科女干部申余，她因主持机要科墙报，被指责和王实味〈野百合花〉相呼应，而被送入西北公学受审查，后在陈刚的关照下，才得到解脱。
中共中央直属的《解放日报》在整风运动开展后，实际上已由陆定一负责。博古虽仍担任社长一职，但职责范围已大大缩小，处于挨整、被冷遇的境地，因此，对“抢救”十分小心。在“抢救”运动初期，《解放日报》并没有挖出什么“特务”，康生见此状极为不满，公开指责博古：你们清凉山（《解放日报》所在地）是特务成堆的地方，你们就是抓不出来？在康生的威胁、恐吓下，博古不得不派人前往西北公学“学习取经”，返回后在《解放日报》如法炮制。
《解放日报》被抢救出来的“特务”占全体人员的95%（另据温济泽叙述，《解放日报》社和新华社总共一百几十位工作人员中，被逼承认自己是“特务”的占70%左右）。副总编辑余光生积极执行康生的指示，全力在报社“挖特务”，“抢救”前夕，接替丁玲工作的艾思奇此时也受到怀疑，被免去学委委员。副刊部的舒群、白朗、陈企霞、黎辛都被视为是嫌疑对象。副刊部秘书温济泽在对王实味的斗争中表现积极，此时也因他有一叔叔是国民党少将，被说成是国民党派来的特务。李锐此时任《解放日报》国内部编辑，他的一个大学同学因“托派”嫌疑被抓，因不堪刑讯，承认自己是“特务”，并咬出李锐是他的“上级”。1943年4月，在边区第一次大逮捕的浪潮中李锐被捕，作为重犯，从1943年4月至1944年6月，被关押在边区保安处。
在《解放日报》社，除了编辑、记者遭“抢救”外，抢救也在印刷厂进行，一位总务科长因不堪逼供，被迫刎颈自杀。
博古对于毛泽东、康生的这套红色恐怖手法极为熟悉，早在1931年，博古就对远在江西的毛泽东“打AB团”的行为有所怀疑。1942年3月，王震、贺龙曾就《解放日报》公开发表丁玲的〈三八节有感〉和王实味的〈野百合花〉，向博古发难，王震、贺龙或亲去清凉山博古的窑洞，或在党的高层会议上，严厉指责博古。时至1943—1944年，博古在党内的地位愈加脆弱，“破鼓万人捶”，博古在高干中已成为人人皆可唾责的对象，他已无法制止《解放日报》中的“抢救”极端行为。
在抢救运动中，中直机关的所有单位均受到冲击，中央医院90%的医护勤杂人员受到怀疑，著名的马海德医生和他妻子苏菲也曾被“抢救”。对马海德提出的疑问是：“一个外国人抛弃了优裕的物质生活，从美国来到上海，又从上海到延安，它的背后是什么？”由于马海德是边区急需的医生，因而对他还较为客气，只是劝其“坦白交待”，而未将其关押。
