1943年5月16日，刘少奇参加书记处会议，这次会议决定审查内奸从4月1日起，分三期进行，每期三个月。5月21日，政治局召开会议，讨论前一日季米特洛夫发来的有关解散共产国际的电报（莫斯科预备在5月22日正式公布），会议并讨论了防奸工作，规定了防奸工作的基本原则是：“首长负责；自己动手；调查研究；分清是非轻重；争取失足者。”
刘少奇在审干、反奸斗争中将其所擅长的理论与政策分析水平大大地发挥了出来。1943年7月，刘少奇在延安作〈关于审干中几个问题的意见的报告〉，
在这个报告中，刘少奇针对干部对审干和反奸斗争的疑虑，对审干和“清查内奸”的意义作了权威性的阐释。刘少奇指出：审干和反奸斗争是整风运动的继续发展，是整风精神在实际工作中的具体运用。刘少奇还明确规定了审干的任务是：“清查内奸，争取失足者，训练干部”。
刘少奇作为反奸斗争的指导者，不仅在政策制定方面起重要作用，而且在指挥华中根据地的审干反奸和调配审干干部方面也具有很大的权力。
刘少奇回到延安后不时就开展反奸斗争的策略给华中发出电报。1943年6月29日，刘少奇电示陈毅、饶漱石，告诉他们“大后方的党几乎全部被国民党破坏”，要求彼等针锋相对，“用说服利诱与威胁等办法”，争取被俘将释的“顽方人员”“为我服务，为我作情报”。刘指导道：“采用强迫威逼自首的办法则须选择对象，选择那些在他不肯自首为我作事时，我能长期拘押或秘密枪决的人威逼之，不要对一切人都用威逼办法，可多采用说服利诱办法，或用公布他私人秘密等办法威逼之”。刘少奇认为，“特务斗争是一种非常高级的细密的科学，需要详细研究和学习”，“必须使全党一切忠实党员都学会特务斗争”，否则“我们一定失败无疑”。
1943年4月5日，就在那次决定开展动员“失足分子”向党“自首”的书记处会议上，还有另一个与刘少奇有关的重要决定，这就是会议责成由刘少奇负责向晋西北、晋东南、晋察冀派出整风学习组，以指导、帮助上述区域的整风、审干运动。同年8月9日，书记处会议再次作出决定，由刘少奇选派干部前去华北、华中根据地帮助整风，此时全党范围内的整风已先后进入审干、反奸斗争阶段，指导整风就是指导审干、反奸和“抢救”。在这次会议后，由刘少奇派往各根据地的审干钦差大臣陆续到达各地区。具体传播延安的审干、反奸、抢救经验，对当地运动向极左方向发展起到推波助澜的作用。
刘少奇在审干、反奸斗争中位居领导地位，但他深居简出，外界只知他出任了中央总学委副主任，却不知他实际上还是秘密机构——中央反内奸斗争委员会的主任。
权力极大的中央总学委在也42年夏之后，事实上已经取代了政治局和书记处，成为毛一手操纵的太上机关。但是至1943年3月20日书记处改组，在形式上，党的机构已经得到恢复，于是中央总学委暂停工作，可是不久，中央总学委在4月24日又被恢复。与此差不多同步，4月28日，又正式成立了以刘少奇为首的中央反内奸斗争委员会。既有中央总学委，又有反内奸斗争委员会，这两个机构的功能与分工又是如何呢？事实上，进入1943年春之后，中央总学委与反内奸斗争委员会所干的工作是一致的，这就是领导审干与反奸。只是中央反内奸斗争委员会对外严格保密，由总学委在前面出头露面。加之总学委在各机关、学校、军队系统皆有学分会，总学委负责人康生又身兼中社部部长，社会部已与总学委水乳交融，于是外界只知有总学委，作为延安审干、反奸最高决策机构的反内奸斗争委员会反而不为外界所知。因此，才有刘少奇来延安后担任总学委副主任之说的出现。
刘少奇真正担任总学委副主任是在也43年10月5日。在这天召开的书记处会议上，决定毛泽东为总学委主任，刘少奇、康生为副主任，胡乔木为秘书。此时总学委的功能又有变化，它实际上是毛泽东为正在召开的以清算王明为目标的政治局扩大会议而成立的核心小圈子，其主要任务是为配合毛在党内上层开展路线斗争，为毛提供理论解释和在毛等几个人中间进行反王明、博古、周恩来的协调分工。至于领导审干、反奸的工作则基本由中央反内奸斗争委员会承担，由于这两个机构的主要负责人都有刘少奇和康生，因此上述两个机构的工作又存在交叉性的关系。
刘少奇在中共党内素有稳健、长于埋头苦干的声誉。在一个相当长的历史时期内，刘少奇因在白区工作中主张隐蔽、退却的意见还蒙受“右倾”的指责，何以他在1943年返回延安后不久，就在审干、反奸问题上显出明显的左的姿态，并在1943年春夏之交，当延安审干、反奸、抢救狂潮兴起后，听任极左恶浪翻江倒海而基本保持沉默？
笔者认为，刘少奇当时左的姿态与1943年他在党内地位的急剧上升有密切的关系。左的审干、反奸政策的始作俑者是毛泽东，刘返抵延安后，很快就了解到这一点。然而毛、刘在反王明问题的立场与利益关系完全一致，毛且大力提拔刘少奇，使刘从政治局候补委员一跃成为中共第二号人物，在这种情况下，刘不管是有意还是违心，都只能全力配合毛。第二，刘少奇与其老部下彭真的关系一向密切，彭真被调回延安后受到毛泽东的重用，在审干、反奸斗争中是一个风云人物，刘少奇来延安后，彭真在中央党校创造出的审干、反奸经验正作为一套成功的经验向延安各机关、学校推广，刘不能站在彭真的对立面。第三，刘少奇虽有谨慎、稳健之名，但刘同时又是一个喜欢表现的人，尤其喜好就某些理论、政策问题发表意见，刘来延安后，被委之以领导审干、反奸的重任，使刘在这一方面的才干可以就此发挥，他也没有理由放弃这一有利于扩大其在全党影响的机会。
1943年开始的审干、反奸斗争对刘少奇有极重要的意义，刘少奇从此正式涉足中共的干部和组织系统，在3月20日书记处会议上。决定成立以刘少奇为书记的中央组织委员会，统一领导中组部（包括中央党务委员会）、统战部、民运工作委员会、海外工作委员会以及中央政治研究室（即中央研究局）。至此，刘少奇取代了陈云（1944年后转做财经领导工作），成为中共组织系统的掌门人。在审干、反奸斗争中，刘少奇在彭真的大力协助下，通过谈话等方式，广泛熟悉中共各“山头”的情况，刘少奇的影响和在党内的支配力也从北方局系统、新四军系统向全党延伸。在这个时期，刘少奇还直接过问中央党校一部的审干工作，党校一部主任古大存就曾多次向其汇报工作。1944年，彭真正式出任中组部部长，显示刘少奇在中央组织和干部系统的影响力得到巩固和加强。
虽然刘少奇在审干、反奸斗争中位居决策层，但他与康生毕竟有明显区别。康对毛泽东只是一个家臣，而那时的刘则是毛最重要的盟友，刘少奇不屑于做康生所好的那种“魔鬼”工作，刘少奇的兴趣只是在制定审干、反奸的政策和策略方面，他没有在台前大声疾呼抓“特务”，也没有像康生那样，亲自去审讯“特务”、“叛徒”。有记载说，在运动高潮之际，刘少奇曾对运动的过火方面发出过疑问，然而刘的“疑问”只是后话，在1943年春夏之交，他还没有这种疑问，相反刘少奇正兴趣盎然地研究、部署审干、反奸的发动工作。现在刘已进入审干、反奸的领导核心，他和毛泽东一样，以党的最高领袖的身分，隐身于康生的背后，在幕后密切关注、并指导在延安，继而在全党开始的新一轮党内大整肃运动。
