本拉登死亡三年后，基地组织似乎把活跃的中心集中在中东。而这个恐怖网络继续和之前一样，积极在南亚寻求与其它激进伊斯兰组织的合作。
2011年5月2日，美国特种部队在巴基斯坦面对“本•拉登之辱”巴基斯坦的阿伯塔巴德(Abbottabad)将本拉登击毙。这之前，这个前基地组织头目已经在这个军事重镇藏身了大约6年的时间。这个世界上头号通缉恐怖分子经过多年追捕终被击毙被看作是一个时代的终结。尽管出现了巴基斯坦政府向本拉登提供保护的指责，但是仅靠着美国头号敌人被成功击毙的事实，就可以说，这对基地组织是一个严重的打击。那么本拉登之死究竟对基地组织的行动造成何种影响？这个恐怖网络现今在南亚是否减少了活跃度呢？
华盛顿伍德罗威尔逊中心(Woodrow Wilson Center)专家、伊斯兰堡政策研究所的辛巴•汗（Simbal Khan）认为，在本拉登死亡之前，基地组织就已经变弱了。美国无人机在阿富汗边境附近部落地区的攻击是这个恐怖网络做出缩小在该地区存在决定的主要原因。她表示：“巴基斯坦军队的军事行动和无人机袭击都在很大程度上限制了基地组织在这些地区的行动自由。”
反恐专家侯赛因（Ghaffar Husain）赞同这个观点。他还表示：“在阿富汗-巴基斯坦边界的基地组织头目在本拉登死之前就被歼灭了。他们之前负责操纵全球各地的圣战运动。”不过辛巴•汗对基地组织在巴基斯塔和阿富汗已经消失匿迹这种结论提出质疑：“他们的势力比之前小了，但是基地组织与当地的极端势力相互合作。”她认为，基地组织最重要的合作伙伴是巴基斯坦塔利班运动（Tehrik-i-Taliban Pakistan，简称TTP）。辛巴•汗说：“基地组织之前就已经移动了自己的活动中心：从巴基斯坦的部落地区移动到中东和北非。2011年5月之后这种趋势加快了速度。”
本拉登的继承者
反恐专家侯赛因认为，仅仅是基地组织的中央指挥力量变弱了。而与之前相比，基地组织在国际上的活动在一些地区变的更为频繁了：“基地组织现在活跃在尼日利亚、索马里、叙利亚、埃及和伊拉克。比如在叙利亚，恐怖组织的实力现在前所未有的强。有可能现在的基地组织与之前的意义有所不同，但是各种伊斯兰激进运动，像索马里的”青年党民兵“（Al-Shabaab）或是尼日利亚北部的”博科圣地“（Boko Haram）与基地组织的性质类似，并且把基地组织的遗产接了过来。”
一些专家认为，本拉登死后，这个国际恐怖组织正在复苏。辛巴•汗表示：“这个组织总是在冲突地区寻找‘新血’。自从阿拉伯之春以及中东一些国家出现不稳局势以来，基地组织找到了一个新的作战区域：如果恐怖组织要重整旗鼓，那么在利比亚和叙利亚要比在巴基斯坦或者阿富汗有着更有利的条件。”
很多西方观察人士猜测，本阿登的接任者扎瓦赫里（Aiman al-Sawahiri ）可能在巴基斯坦活动，并以此推测，南亚或会依旧仍是基地组织重要的战略基地。辛巴•汗说到：“如果基地头目藏身巴基斯坦并在那里受到保护，我不会感到惊讶。但是他不太可能停留在巴基斯坦-阿富汗的边境地区，因为这个地区受到了严密的监视。他因此有可能效仿本拉登，选择巴基斯坦的一个城市作为藏身之处。不过这都是人们还不能确定的信息。他也有可能在中东或者是在北非生活。”
