文化大革命结束后，大昭寺主供佛释迦牟尼佛像。翻拍于1985年出版的《大昭寺》一书。
1970年代初期，大昭寺被改成拉萨市委第二招待所。拉萨人称其为“招待玛波”，意思是红色招待所。许多殿堂又都改成了招待所的房间，一层和二层那些佛殿的门框上都写着房间号码。从各地区和附近各县来的干部、群众皆可投宿。
据文革时作为西藏民族学院的红卫兵进藏、1968年毕业后分配入藏工作、后来成了《西藏文学》杂志的主编闫振中回忆，他每次从墨竹工卡县出差来拉萨都住在这个招待所。最初0.13元/床，后来0.3元/床。在他住过的房间中，墙上还绘有壁画，被烧酥油茶的火苗和水汽给熏得破损不堪。住宿的旅客中有男也有女，有藏族也有汉族或别的民族。阎就是回族。服务员也是有男有女，多为藏族。没有一个僧人。阎说，曾经有个房间里还有房客上吊自杀，是个藏人，但原因不明。闫说，当时拉萨城里下午三、四点就已经没什么人了，六、七点以后简直空无一人，空城一座。如果是十点返回招待所，那已是相当晚了，需得使劲拍打寺院沉重的大门，撕破了嗓子喊，好半天才会有人来开门。
大昭寺老僧图登仁青在2003年接受我的采访时说：“……那时在释迦牟尼佛殿上面的金顶那里，盖过一个厕所。在护法神班丹拉姆（即白拉白东玛与白拉姆）塑像那里，用木板隔了男女两个厕所，是招待所的厕所。护法神的塑像早就搬出去给砸了。”
当时，拉萨市委还在大昭寺的大经堂内召开会议。前院的庭院“金戈”一度是放映革命影片的露天电影院，僧舍被设成拉萨市政协的办公室和宿舍。
1972年，曾在文革初指示“打庙宇，破喇嘛制度，这都很好……考虑保留几所大庙”的周恩来，在接见西藏军政官员时说，随着中美关系的改善和中日建交，全国将采取有领导的开放，西藏也不例外。据说，与中国交好的柬埔寨西哈努克亲王打算访问拉萨，朝拜大昭寺，于是批示修复大昭寺。在经历了文革批斗的71岁的德木仁波切的指导下，依凭五世达赖喇嘛著述的有关大昭寺佛像目录的记载，众多的传统工匠及画师夜以继日地边回忆边修复。
被当成“牛鬼蛇神”受尽折磨的德木仁波切的儿子、摄影家德木·旺久多吉曾接受过我的数次采访，据他回忆：“当时大昭寺只剩下一尊释迦牟尼12岁等身像，其余佛像都被砸的砸，拿的拿，一个也没了，壁画上也是坑坑洼洼的。很多人都不清楚大昭寺里具体安置的是哪些佛像，以及佛像里面应该装些什么‘藏’（佛像内装置的金银珠宝、灵丹妙药、甘露香料、五谷杂粮等，该仪轨称‘装藏’）。所以，那些铜塑匠、泥塑匠和绘画的师傅都来请教我父亲。但他已经71岁了，经历了文革批斗，重病在身，也记得不太清楚，就让我找来五世达赖喇嘛撰写的一部关于大昭寺寺内佛像目录的书籍，边回忆边修复。在他的指导下，复原完成了第一层佛殿。修复到第二层时已是1973年，我父亲的生命已在旦夕，那些工匠和画师赶紧先修复法王松赞干布殿，流着泪告诉我父亲，为了他的长寿，专门提前塑好了松赞干布最有智慧的重臣噶尔·禄东赞的像。因为据说，德木活佛是禄东赞的转世。于是我父亲写了几个字给他们，意思是，从我个人的愿望，我不想死，请三宝作证。画师和工匠们就问，那以后怎么办？我父亲就对着我的耳朵说话，再由我转述给他们，意思是，我只能做到这一步了，下面的事情你们去找强赤曲吉。强赤曲吉是甘丹寺的大喇嘛。宗教传统上，唯有甘丹寺的强赤法王和夏赤法王，才能坐上‘甘丹赤巴’（甘丹寺的法台）的法座。就这样，我父亲结束了他修复大昭寺的幕后指挥工作。”
1974年，修复大昭寺的初期工程完成。然后从靠近拉萨市公安局的一个仓库，那里堆放着从很多寺院没收的佛像，从中挑选了不少佛像送到大昭寺，重新装藏、修补；又从色拉寺、甘丹寺和哲蚌寺调过来一些老僧。当时拉萨流传一句话：“拉的确凉，规尼北依拉。”拉的意思是佛，规尼的意思是管理寺庙的香火僧，北依拉是对回族的称呼。而的确凉，既不是纯的毛料，也不是纯的棉布，用以比喻不纯的东西。这句话的意思是，佛像不是原本的佛像，而管理寺庙的人是外道。据说确实是这样，因为当时是一位姓马的回族作为宗教局的领导在管大昭寺。逐渐地，被当作“四旧”砸过的大昭寺又允许香火缭绕，祈祷回响。
据曾经参与对大昭寺“破四旧”的拉萨红卫兵鞑瓦讲述：“文革结束之后，从那边（指印度流亡藏人社区）派来的参观团（1979年，中国政府允许流亡西藏人士和达赖喇嘛的亲属回西藏参观）受到了特别隆重的欢迎，显示出了宗教在人心中的地位。当时在大昭寺讲经场人山人海，这之前各单位以及居委会还开会教育群众，不要骂他们、不要打他们什么的。想不到事实上的效果恰恰相反，达赖喇嘛的哥哥在台上每说一句话，人们都欢呼；他一招手，全场都安静得很，鸦雀无声。没有别的原因，就因为他是达赖喇嘛的哥哥，宗教这个东西可不一样啊。毕竟共产党教育的时间不长，但是宗教有着上千年的历史，它的潜移默化的力量很大，哪里有那么好对付！又比如，今天有很多年轻人很信仰宗教，‘萨嘎达瓦’时转经的人里面就有很多年轻人，这也显示了宗教的生命力，宗教是不可能灭亡的。”
大昭寺的老僧图登仁青（已去世数年）在2003年3月的一天，含着热泪对我说：“文革结束后，重新修复的寺院再次开放。经过了那么多年不准信仰宗教的岁月，人们已经很多年没进过大昭寺了，所以来朝佛的人特别多。当时还向信徒售票，就在今天信徒磕长头的大门口还架着栏杆，每天只卖两千张票，每张票一毛钱，所以很多人从夜里就开始排队，常常排队一晚上，睡觉就睡在地上。那时候大昭寺整天开放，天黑了，如果不赶紧关门的话，还会有很多人进去朝佛。可怜啊，那么多的藏人，已经有那么多年没朝拜过大昭寺，没朝见过觉仁波切了。很多人都哭，边哭边说，想不到这一生还能有机会见到觉仁波切，没想到啊，还会有这么一天。后来班钦仁波切（十世班禅喇嘛）回到拉萨，在大昭寺举办法会给信徒摩顶时，排队的人都排到了邮电大楼那里，有几公里长，有一个人还被挤死了。信徒是那么多，突然间一下子冒出来那么多，不光是老人，还有很多年轻人，这是文化大革命时候不敢想象的，就像是被堤坝拦住的大水一下子冲出来了……。有很多人过去是积极分子，现在变成了很虔诚的信徒，这样的人很多，他们也到大昭寺来朝佛。从佛教角度来讲，这是忏悔，这很好，只要是出于真诚，这么做也许是可以抵消他们当年所犯下的过错的。很多人当年都是无知，无明啊。”
法国记者董尼德在1985年获准访问拉萨时，面对大昭寺里“崭新的菩萨塑像及刚完成的壁画”，“感到震惊与不安”，认为自己“就像是置身在歌剧院的舞台布景里似的。仓卒地整建、翻新、维修的结果，只是把几乎毁灭一种文化的政治风暴所造成的破坏情景，加上愈描愈黑的注解而已。”但无论如何，堪称幸事的是，广大佛教信徒重又见到了劫后余生的觉沃佛那悲悯众生的微笑。
