宁都会议后，毛泽东已被剥夺了军事指挥权，但周恩来却因其在宁都会议上的折衷态度受到苏区中央局成员项英、顾作霖等的批评。1932年11月12日，后方苏区中央局成员任弼时、项英、顾作霖、邓发联名致电临时中央，报告宁都会议经过和争论情况，其中涉及到对周恩来的看法：“恩来同志在会议前与前方其它同志意见没有什么明显的不同，在报告中更未提到积极进攻，以准备为中心的精神来解释中央指示电”，“对泽东的批评，当时项英发言中有过份的地方，但他（指周恩来——引者注）在结论中不给泽东错误以明确的批评，反而有些地方替他解释掩护，这不能说只是态度温和的问题——我们认为恩来在斗争中不坚决，这是他个人最大的弱点，他应该深刻了解此弱点加以克服”。
同一日，周恩来致电上海临时中央，为自己在宁都会议上的表现进行辩解：“我承认在会议上我对泽东同志的批评是采取了温和的态度，对他的组织观念错误批评得不足，另外却指正了后方同志对他的过份批评”，但“会后顾、项等同志认为未将这次斗争局面展开，是调和，是模糊了斗争战线，我不能同意”。
根据现存资料，毛泽东在宁都会议上并没有接受苏区中央局对他的指责，11月26日，苏区中央局在给上海中央的电报中也称，毛“仍表现有以准备为中心的意见”，
然而根据临时中央11月给苏区中央局的覆电却又看出，毛在压力下，在会议上曾被迫作出承认“错误”的表态：
泽东同志在会议上已承认自己的错误，必须帮助泽东同志迅速彻底的改正自己的观点与吸引他参加积极的工作。
毛泽东既然已在一定程度上承认自己犯下“错误”并离开了军事指挥岗位，周恩来也是在肯定毛有错误的前提下，主张对毛采取较为宽和的态度，那么继续维护以周恩来为核心的苏区中央局的团结就是当下最重要的任务了。1932年11月，临时中央覆电苏区中央局，指出：“恩来同志在（宁都）会议上的立场是正确的，一部分同志责备恩来为调和派是不正确的”“为击破敌之‘围剿’，领导一致是目前最重要的”。
继赣南会议批评毛泽东的土地政策，1931年底至1932年初，周恩来集中纠正毛的肃反偏差，现在又在宁都会议上集中批评了毛的军事作战方针，毛在中央苏区的权势被一步步削夺。宁都会议结束后，苏区中央局书记仍由周恩来担任，当周在前方指挥作战时，苏区中央局书记一职则继续由在后方的任弼时代理。1933年1月27日，博古抵达瑞金后，虽然局部调整了中央苏区的领导机构，但是宁都会议后形成的权力格局基本没有变动。
宁都会议后，毛泽东因在政治上蒙受打击和患严重疟疾，在长汀医院休养达半年之久，周恩来曾数次请张闻天、博古劝毛回瑞金工作。
1933年3月，共产国际执委会致电瑞金，指示“要运用诱敌深人，各个击破，瓦解敌军和消耗敌人的战术”，同时要求“对毛泽东必须采取尽量忍让的态度和运用同志式的影响，使他完全有可能在党中央或中央局领导下做负责工作”。
共产国际对毛的关照，对毛处境的改善有所作用，1933年春夏间毛返回瑞金，开始主管查田运动。在6月上旬出席中央政治局会议时，毛对一年前的宁都会议提出批评，认为自己受到了不公正的对待。但是，博古把毛的批评挡了回去，重申宁都会议是正确的，并说没有第一次宁都会议，就没有第四次反围剿的胜利。从此，毛未再予闻中央苏区的军事指挥事宜。只是到了1933年10月，陈铭枢、蒋光鼐、蔡廷楷派代表前来苏区联络商谈双方停战之事时，毛才被允许参与某些重要军事决策的讨论。
根据1935年后的毛泽东的解释，在关于是否援助第十九路军的讨论中，毛提议红军应向以江浙为中心的苏浙皖赣出击，以调动围赣之敌，打破国民党军对中央苏区的“围剿”，同时支持福建人民政府。博古等人却拒绝了毛的正确意见，导致中央苏区在进行第五次反“围剿”战争时陷于孤立，成为被迫长征的主要原因。
然而，毛泽东在福建事变期间的态度远比上述解释复杂的多。毛的有关红军出击苏浙皖赣的意见被否定，确实使打破“围剿”失去了一个重要机会，但是拒绝与十九路军合作则肯定加剧了中央苏区军事形势的危机。
