二、“军党”的问题
1927年10月，毛泽东率秋收暴动队伍上井冈山以后，军队就成了维持苏区存在的唯一重要的力量，在紧张的战争环境下，党与红军已融为一体，军队实质上已成为中共党组织的化身。
在红军中建立党组织是毛泽东吸取中共在大革命失败的教训、为加强党对红军的领导而采取的一个重大措施。毛认为中共在1927年的失败原因之一即是“我们在国民党军中的组织，完全没有抓住士兵，即在叶挺部也还是每团只有一个支部，故经不起严重的考验”。1927年10月，毛在永新县三湾确立了“支部建在连上”的制度，10月中旬又在酃县亲自主持了六个士兵党员的人党宣誓仪式。从此，在红军中大力发展党员，成为中共一项最基本的制度。
与“支部建在连上”相配套的是继续采用仿效苏联红军模式的北伐时代的党代表制度。自1929年起，红军中的党代表改称政治委员。连的政治委员从1931年起改称政治指导员，此称谓一直沿用至今。
军队的重要作用尤其体现在它实际上是地方党的保姆和守护者。1928年4月之前，中共湘赣边界的地方党组织基本处在分散和工作全面停顿的状态，5月中旬，毛泽东在宁岗茅坪主持召开了中共湘赣边界第一次代表大会，此次会议正式确定“军队帮助地方党发展”的方针，选举了以毛为书记的边界第一届特委会，毛泽东从此一身兼军队和地方的最高领导。然而军队主力一旦转移，地方党的生存马上就发生危机。1928年8月，遵照湖南省委指示，朱德率红军主力进攻湖南，导致“八月失败”，边界各县党组织和政权大部分解体。而一旦主力红军于9月重新占领该地区，所有的中共组织和政权即迅速重建起来。军队的作用如此显著，地方党组织隶属军队系统的领导也就逐渐被认为是顺理成章了。
对于中共军队在根据地对党组织所起的支配性作用，中共中央的态度是矛盾和复杂的。一方面，党的领导人完全支持在军队中建立党组织，也深知军队领导地方党是艰苦恶劣环境下的必然产物；另一方面，又对中共军队的农民化、军队对地方党组织支配性的关系深感忧虑。
1928年6月4日，中共中央在《致朱德、毛泽东并前委信》中虽然承认了毛泽东统领湘赣边界红军与地方党的最高权威，但对湘赣边界党和军队的工作也提出了一系列批评。中共中央对红军中农民成份的急剧增长表示严重的忧虑，认为“无论在政权机关或党的指导机关中都有很深厚的小资产阶级的农民意识的影响”，要求毛泽东注意在红军“成份上尽可能增加工农和贫农的成份，减少流氓的成份”，指示毛泽东必须“彻底地改造各级党部及指导机关，多提拔积极的工农分子特别是工人分子参加各级党部的指导机关”。中共中央还批评湘赣边界的“苏维埃政权，多是上层的委派的而无下层选举的基础”，责令毛泽东改变方式，“禁止党部和军队委派苏维埃”，“绝对防止党命令苏维埃的毛病”。
中共中央关于改变红军成份，调整党、军队与地方苏维埃关系的训令，实际上是一种仿效苏共经验的一厢情愿的空想。1928年湘赣边界共产党的状况与1917—1918年的俄共与苏俄红军的情形不啻相距万里。在湘赣边界形成的由农民组成的红军，和在红军指导下建立的以农民为主体的共产党组织以及苏维埃政权的三位一体，是客观历史环境的产物。这个以军队为核心的三位一体是作为苏共模式一个分支的中国共产革命的一个基本形态，只是当时，它正处在刚刚成长的萌芽状态，而不被正统的中共中央所理解。
三、毛泽东的“书记独裁”的问题
毛泽东既是湘赣红军的创始人，也是湘赣边界党组织的领导者，由于军队对边界共产党的存在有着举足轻重的影响，毛兼军队与地方党负责人于一身也就十分自然了。但是随看毛身兼二职，全部权力逐渐集中到毛泽东手中，逐渐出现了对毛大权独揽的议论。
曾经担任中共湖南省委巡视员的杜修经在给上级的报告中指出：
现在边界特委工作日益扩大，实际上一切工作与指导，都集中在泽东同志身上，而泽东同志又负军党代表责，个人精力有限，怎理得这多？
一度担任边界特委书记的杨开明亦有同感：
特委的事总是书记一个人处理，个人专政，书记独裁，成为边界的通弊。首先泽东为特委书记时，特委就在泽东一个人荷包里，后来（杨）开明代理书记，特委又是开明一个人的独脚戏。……党员崇拜领袖，信仰英雄，而不大认得党的组织。
和杜修经、杨开明议论毛泽东“书记独裁”相联系，在中共中央1928年6月4日〈致朱德、毛泽东并前委信〉中，要求朱、毛取消红四军的党代表制，建立政治部体制，也包含了分散作为红四军总党代表毛泽东权力的意思。1929年红四军内部围绕朱德与毛泽东的权限范围的问题终于爆发了一场严重争论，虽然毛泽东的一系列重大战略和战术方针比较接近实际，但是由于他的专断作风也十分明显，红四军多数干部对毛都存有不同程度的意见，毛泽东曾一度被迫离开红四军，前往地方工作。最后，中共中央出于红四军统一和发展江西根据地的战略考虑，决定在朱、毛之间支持毛作为红四军最高领导，才解决了这场领导机关内部的危机，但是对毛泽东“书记独裁”的不安并没有真正消除。
杜修经、杨开明对毛泽东“书记独裁”的议论不是偶发的，它来源于中共中央，是处于转折年代中共路线、方针和工作方式急剧变化的产物。这个时期，中共中央在理念和党的作风上还受到俄国十月革命初期党内民主化思想及其实践的影响，因此对江西根据地的“书记独裁”现象颇为不满，所谓“群众只认识个人不认识党”，显然是指只认识毛泽东而不认识党。对此，中共中央别无他法，只能再次重申“增加工人领导力量，严格防止农民党的倾向”，“反对个人领导，一切权力集中于前委”一类的意见。
对于有关“书记独裁”一类的议论和指责，毛泽东很不以为然。1927年“八七会议”后，中共中央领导机关大改组，瞿秋白曾建议毛去上海党中央工作，毛泽东表示“不愿跟你们去住高楼大厦”，主动前往艰苦的农村，为共产党开辟一条新路。毛在湘赣边界也经常向中央汇报工作，反观上海中央领导人，论资历不及昔日的陈独秀，论工作成绩也乏善可陈，却在上海的“洋房”里指手划脚，只能徒增毛泽东对中共中央的反感。
综上所述，1927—1930年，毛泽东与共产国际、中共中央在重大路线方面并无大的矛盾，但已隐藏着若干不协调的因素：“农民党”的问题，“军党”的问题，以及毛泽东“书记独裁”的问题，上述三个方面的问题。在日后又发展为其它一系列新问题，导致中共中央与毛泽东的关系进一步复杂化。
