至于毛泽东，问题则比较复杂。周恩来小心翼翼，不去触及毛泽东，而是将苏区中央局、闽西省委（前闽粤赣省委）和红一方面军总前委放在一起进行批评。在苏区中央局会议上，周严厉批评了上述单位在肃反问题上所犯下的严重错误。1932年5月，国家政治保卫局将毛泽东的老对头、原赣西南党和地方红军负责人李文林处死。1932年1月25日，周恩来主持召开苏区中央局会议，作出《关于处罚李韶九同志过去错误的决议》，周知道李韶九是毛泽东的老部下，是造成赣西南肃反惨祸的祸首之一，但只给予李韶九留党察看六个月的极温和的处分。周恩来主持的所有这类纠偏会议和主持制定的文件，均未直接批评毛，对曾山、陈正人等基本上也没有触及。1932年初，因原先担任江西省委书记的陈正人患病，苏区中央局任命李富春接任，曾山继续担任江西省苏维埃政府主席，毛泽东的老部下周兴虽“有助长李韶九错误的事实”，也只是由江西省委给其“留党察看”的处分，张鼎丞也在1932年3月后，继续留任福建省苏维埃政府主席一职。
尽管如此，周恩来实际上对于毛泽东已有了新的认识，而这种认识以后又成为迁移至瑞金的中共中央一班核心人物彼此心照不宣的看法。1932年春，周恩来派自己的老部下、前中共中央特科成员李克农、钱壮飞、胡底、李一氓到国家政治保卫局工作，李克农、李一氓先后都担任过政治保卫局执行部部长，李克农、钱壮飞还先后任红一方面军保卫局局长。
在被称之为王明路线占统治地位的1932—1934这几年，由国家政治保卫局承担中央苏区内部的肃反事务，不再由各机关、单位和军队自己大搞肃反。国家政治保卫局在1932年5月30日处决了李文林、曾炳春、王怀等一批“AB团”首犯，以后又杀了二百多名“反革命分子”，但总的“工作情况比较平稳”。
中央苏区再没有开展过像“肃AB团”、“肃社会民主党”一类大规模的肃反运动。
尽管中央苏区大规模的“肃反”在1932年后已经基本停止，但是在苏区中央局机关内部仍然时断时续地开展“反右倾”、“反托派”的斗争，l932年6月后发生在瑞金的“工农剧社事件”即是一起典型的事例。
1932年6月，瑞金红军学校内的一些党员知识分子发起组织了“工农剧社”，因在剧社章程中有“在总的社会主义革命任务下，配合红军目前的伟大胜利”几句话，很快被苏区中央局指控为进行“托派”活动。8月13日，邓颖超代表中央局主持反托派斗争大会，判定“工农剧社”偷运托洛茨基的“私货”，因为所谓“社会主义”云云，就是否认了中国革命现阶段是资产阶级民权革命，全是托派的说法。邓颖超还说，剧社章程没提农民问题，这也是从托陈取消派的观念出发的等等。在这天的斗争会上，对工农剧社党团会干事张爱萍等人开展了严厉的批斗。邓颖超指责张爱萍“在反对反革命政治派别托陈取消派的斗争中，他表现消沉不积极”，“非但未在党的领导下，去深刻认识自己的错误的严重性，去深刻揭发并改正自己的错误。相反的，在会后不久，……对中央局将此事通知红军学校政治部表示不满，……企图转移斗争的中心”。邓颖超还指控张爱萍与“有重大嫌疑的人们（危拱之、王观澜）接近”，并说这是“他对托洛斯基主义犯了自由主义错误的根源……。”在这次批斗会后，少共中央局于8月17日给张爱萍书面严重警告处分，12月，苏区中央局宣布开除危拱之等人的党籍，给左权、张爱萍留党察看一年的处分。所幸张爱萍、王观澜、危拱之等人犯事的时候已是1932年，如果早一年，他们一定会因此而命丧黄泉。1932年后，中央苏区的肃反已用较缓和的方式进行，但是在鄂豫皖、湘鄂西，类似“肃AB团”、“肃社会民主党”的大肃反运动仍继续进行，造成了极为严重的后果。
由张国焘领导的鄂豫皖苏区，和由夏曦、贺龙领导的湘鄂西苏区，是两个具有高度自主性的战略根据地，“天高皇帝远”，中共中央对两地的领导必须通过张国焘、夏曦来实现。而此时的中央并没有威权十足、足以号令四方的“皇帝”。加之张国焘也是具有某种枭雄气质的领导人，一旦“肃反”成为其消灭异己、树立自己权威的有利工具，他自不会轻易放弃使用。夏曦原是湘省一激进青年学生，全凭杀人树威，才建立起他在湘鄂西的地位，当夏曦尝到肃反的甜头，已犹如鸦片上瘾，非一般手段就可以让其自行终止。
鄂豫皖（继而在川陕根据地）、湘鄂西等地的恶性肃反不能得到有效制止的最终原因，是中共中央在这个问题上的妥协立场。中共中央是在肯定肃反的前提下，提出“扩大化”及“纠偏”问题的，因而使张国焘等有机可乘。1932年10月后，张国焘率部突出国民党军的包围，从鄂豫皖根据地向川北作大规模战略转移，中央对张国焘更是鞭长莫及。到了1933年，中央苏区的军事形势也频频告急，打破国民党军的围剿，成为博古、周恩来等考虑的第一位问题，从而再难关注到对张国焘部及湘鄂西肃反的“纠偏”。
远在莫斯科的王明对苏区肃反问题的复杂性和微妙性一无所知，却从阶级斗争的理念出发，大谈苏区“肃AB团”斗争所取得的“伟大胜利”。王明甚至认为1932年后中央肃反已不如过去那般坚决有力了，批评苏区中央局“对于反对反革命组织及其活动底斗争和警惕性有减弱的倾向”。如果是在1930—1931年，王明的这番话肯定会引起毛泽东的好感，只是现在形势已大变。1932年后，毛泽东不再位居中央苏区核心决策层，他已不需要为中央的政策承担责任，而党内对肃反不满的情绪却依然存在。几年后，毛泽东把这股情绪导引至王明、博古、周恩来，以及邓发、张国焘、夏曦的身上，俨然自己一身清白。当毛将党和军队大权牢牢掌握后，知情人纷纷三缄其口，最终，肃反问题反而成为毛泽东打击王明等的一根大棒。
