在1945年5月31日中共七大会议上，毛泽东在讲话中提到：“肃反，走了极痛苦的道路。反革命应当反对，党未成熟时，在这个问题上走了弯路，犯了错误。”在这里，毛泽东虽然提到了肃反的痛苦性，但没有正面涉及为“打AB团”和“肃社党”冤死者平反的问题，尤其回避了他自己的个人责任问题。即使这样，毛泽东的这段话也长期未予公布。
毛泽东长期不为“肃社党”案平反，其根本原因乃是赣西南“打AB团”与闽西“打社党”有极大的关联，如果为“肃社党”全面平反，势必牵扯到为“打AB团”翻案，从而有损自己的声誉。
1954年，中共福建党组织根据中共中央有关处理历史遗留问题的意见，对在闽西肃反中被错杀的3,728人予以平反昭雪，并追认为烈士。但在根本问题上，即闽西苏区是否有“社党”，“肃社党”是否是冤案，则全部维持1931年的结论。直到1985年，在毛泽东去世九年后，这个问题才最终得以解决。中共福建省委在大量调查的基础上得出结论：闽西根本没有“社会民主党”，闽西“肃社党”运动不是什么“扩大化”问题，而纯属历史冤案。1985年，原被定为闽西“社党首领”的傅伯翠也得到平反。
赣西南的“肃AB团”案也是在八十年代隐去了毛泽东历史责任后，才得到澄清。
勿庸置疑，周恩来对于苏区肃反造成严重后果方面，应负有一定的领导责任，但是在肃反问题上，周与毛的态度有着显著的差别。
种种迹象表明，周恩来是从推行共产国际“反右倾”的理念出发而支持苏区肃反，而无任何个人的动机；毛的行为则很难摆脱利用肃反剪灭异己的嫌疑。
周恩来正是因为从理念出发，当发生了赣西南“肃AB团”和富田事变后，在未深入了解实情的情况下，就匆匆发出中央指示信，客观上助长了苏区内已经蔓延的左祸。然而，毛则是极端的肃反运动的始作俑者，是毛发动在前，周支持在后。
周恩来在1931年8月就已把重点转到纠正肃反扩大化方面，在进入中央苏区后，用了几乎三个月的时间，才使疯狂运转的肃反机器停了下来，毛则鲜有类似的表现。正是因为苏区肃反问题牵涉面广。涉及到领导人的过失责任等敏感问题，周恩来小心翼翼，既要显出纠偏的决心，又随时作出妥协，尽最大努力来维持党的团结。
1931年12月18日，周恩来在目睹了闽西肃反惨祸、从永定赴长汀的途中，致信中共中央，要求中央立即作一有力决议，制止闽西的恶性肃反。周在信中说，“我入苏区虽只三日，但沿途所经，见到闽西解决社党所得恶果非常严重”，“目前问题已很严重，转变非常困难”。周表示，自己决心“与此严重问题斗争”。
1932年1月7日，周主持就任苏区中央局书记后的第一次中央局会议，会读通过〈苏区中央局关于苏区肃反问题工作决议案〉，严厉批评“总前委领导时期”在“肃AB团”问题上滥用刑法、“以杀人为儿戏”的严重错误，强调纠正“肃反工作中的路线错误”。
在收到周恩来的信后，上海中央于1932年1月21日就肃反问题给闽粤赣省委发出一封与周意见一致的指示信，责令邓发领导的省委必须深刻检查“过去在肃反的问题上所犯的不可宽恕的”错误。苏区中央局还在1932年2月29日致信闽粤赣省委和即将召开的省党代表大会，再次批评闽西“在肃反工作中的严重错误”。周恩来并派任弼时代表中央局前往长汀指导在3月初召开的闽粤赣省委第二次代表大会，又派李克农具体负责纠正赣西南、闽西及红一方面军的肃反冤案。在周恩来的艰苦努力下，中央苏区的大规模肃反在1932年3月才告基本停止。
周恩来虽在肃反紧急刹车方面措施有力，但在处理有关责任人时，态度却极为谨慎。1932年春，对闽西肃反惨祸负有直接责任的邓发被调至瑞金，担任权力极大的中华苏维埃共和国政治保卫局局长一职。任弼时则在周赴任后，出任苏区中央局副书记，在党内的地位仅次于周恩来。邓发与任弼时的过失，也许被视为是“好心办坏事”，因为对于这两人而言，都不存在利用肃反剪除异己的不良动机，因此与共产党的党道德和党伦理并无冲突。在大敌当前的形势下，不宜开展过份的党内斗争，这或许是周恩来对任命邓发、任弼时新职的考虑。
