台湾调查局指出，现今境外敌对势力、外国势力、计算机黑客，甚至恐怖主义，全面性渗透台湾中央机关或地方乡镇，至少有十个以上国家在台湾吸收间谍，对国家安全构成严重威胁，连保钓船出海细节，日本海上保安厅都知道，因此必须全面推动保防工作，已研订“国家保防工作法”草案，将建置数百名调查官，否则国家机密将门户洞开。
台湾调查局透露，中共针对台湾国防、外交、两岸机关进行情搜，是境外敌对势力渗透台湾最大的问题，2008年到现在，虽然破获55件共谍案，仍只是冰山一角。
此外，日本等国外势力渗透台湾也很严重。从早年的保钓船“全家福号”到近年“保钓号”，每次从深澳港出海，日本都能事先掌握人员名单以及海巡署支持快艇的数量，导致台湾舰艇抵达钓鱼台时，多次被日本海上保安厅船舰和侦察机包围，甚至被撞击、驱逐。
调查局后来发现，有日本人常在深澳港一带活动，用金钱吸收当地人士提供保钓渔船出海情资。
去年八月间，两名外籍人士持香港护照进入台湾，透过人头租车后，开到新竹某空军基地外围道路停靠，持高科技侦防装备，监录塔台与飞行员对话术语和战术代号；台湾情治单位分析，两人在刺探军事情报。
另外，台湾政府机关严重遭到渗透，因此调查局也计划在各机关建立保防处或保防科室，估计这部分就要进驻数百位调查员。其实台湾在戒严时期，已有这类单位，称为“人二”或“人二室”，就是各单位人事处的第二室，负责保防的安全工作，解严后废除，现在又打算重新设置。
