德国的农业用肥仍然对土质和水质造成负面影响。德国政府认为，造成这一后果的是含氮肥料。而欧盟专家的意见则是，大量密集地饲养牲畜是土质和水质污染的主要原因。
德国联邦环境部日前出台了一份新的硝酸盐报告显示，同2008年至2011年这一时间段进行比较，2012年至2014年的农业有害物质测量值没有转好的迹象。德国政府每4年向欧盟委员会提交这样的报告，主要包括对农业耕地肥料使用的测量。新的报告显示，德国农耕田里有大约28%硝酸盐的含量超标，欧盟规定的标准是每升农耕土壤最多只能含50微克的硝酸盐。不过可以松一口气的是，德国河流和湖泊所含有的硝酸盐值都在规定以下。
农田测量报告首次包括了对湖泊和河流里的磷酸盐检测。磷酸盐是藻类植物生长的动因。同以往相比，磷酸盐的含量有所下降，但65%的测量站仍显示超出欧盟规定的标准，尤其是北德地区北海和波罗的海沿岸，因为夏季使用大量肥料，导致当地藻类生长十分旺盛。
公布今年硝酸盐报告前夕，欧盟委于去年11月向欧洲法院递交诉状，控告德国违反欧盟硝酸盐的规定。欧委会指责德国没有尽努力降低水中的有害物质含量，欧盟专家认为，大量密集地饲养牲畜是造成土壤和水质受到污染的原因。
不过，联邦环境部的报告则认为，过分使用含氮肥料是造成污染的主要原因。几乎三分之一的测量站显示的结果是，2012年至2014年间地下水的水质因过高的硝酸盐而受到影响。北方沿海地带也没有出现改善迹象，在北方，磷酸盐和氮物质带来藻类过分生长，但湖泊和河流里的有害物质在微弱减少。
德国联邦环境部已于2016年收紧了对农业肥料使用的规定，目前新规定还处在议会讨论阶段，联邦环境部部长亨德里克斯（Barbara Hendricks）说，现在应让新规定生效，否则“密集的农业生产会越发经常地带来让我们吃不消的经济后果。”她说，如果地下水含硝酸盐的比例过高，在生产饮用水时必须稀释地下水，并通过技术手段进行处理，“这样饮用水的费用将上升。为了大家的利益，我们必须在这一领域开始反制措施。”
