日本首相安倍晋三星期一祝贺台湾民进党主席蔡英文当选总统，并希望加强日台合作。有些分析人士认为，安倍将通过支持蔡英文，谋求遏制中国在亚洲势力的日益扩大。
日本首相安倍晋三18号在参院预算委员会上祝贺台湾民进党主席蔡英文当选总统，他说：“由衷表示祝贺，期待今后日本与台湾的合作关系得到进一步的发展。”
日本共同社报道说，安倍表示：“台湾是日本的老朋友，在言论自由的基础上通过选举选出了新领导人。”
日本官房长官菅义伟在当天的记者会上也祝贺蔡英文当选，他还表示，欢迎台湾有意愿加入跨太平洋伙伴关系协议（TPP），他说：“台湾如果加入，将有助于地区稳定与繁荣。今后愿开展有意义的讨论。”
菅义伟还说，“台湾和日本共享基本价值观，是有着密切经济关系及人员往来的重要伙伴和珍贵友人”，期待加强双方关系。
根据1972年的中日联合声明，日本政府遵守“一个中国”的原则，因此不能把台湾作为主权国家开展政府间交流。因此安倍计划和民进党展开政党之间交流，在这个基础上谋求加强双边关系。
据报道，蔡英文和安倍晋三的私人关系密切。去年10月，安倍曾经和来日本访问的蔡英文举行过秘密会谈，而且蔡英文在日本期间一直由安倍的弟弟，众院议员岸信夫负责陪同。虽然日本政府否认安倍和蔡英文曾经秘密会谈，可是有分析认为，安倍一直看好民进党会东山再起，因此寻求和蔡英文的接触。
日本共同社透露，日本首相官邸的消息人士分析，马英九总统倾向大陆，和日本的关系不佳。而蔡英文就任新总统后，日台关系将大步前进。
分析还说，安倍认为日本和台湾在安全领域有着共同的战略性利益。日本担心，台湾靠近冲绳县，如果被置于中国的军事压力之下，将对日本的和平稳定产生重大影响。
不过日本和台湾靠拢，可能会使得日本和中国的关系疏远，这将是安倍面临的考验。
1月17日，中国外交部长助理孔铉佑在北京会见日本驻华大使木寺昌人，就台湾选举结果阐明了北京的立场。有分析指出，根据今后的事态发展，中国的对日本的态度可能会强硬起来。至于会谈内容，日本官员表示，“这是外交上的交涉，因此详细情况无可奉告”。
