元、清两朝，均是外族入侵，征服了汉民族之后而建立的王朝，侵略者对人民的屠杀更加肆意而残酷。
元朝的前身蒙古帝国，曾将其版图扩张至三千万平方公里，疆域横垮欧亚大陆。元朝皇帝的老祖宗、蒙古帝国的开国可汗奇渥温铁木真，尊号“成吉思汗”，汉语乃“刚强”、“海洋”之意。蒙古大军在铁木真的率领下开始了征服异国的战争，经过六次大规模的征伐之后，建立了一个前无古人后无来者的庞大帝国。
蒙古军在征服一个部落或国家的过程中，每攻陷一座城池，大多要进行一场血腥的屠杀，而屠杀的理由十分简单。蒙古军在攻陷中亚信奉伊斯兰教的花剌子王国的重镇不花剌城（今乌孜别克布哈拉市），把城中居民驱赶到祈祷场，在进行屠杀之前，铁木真向他们宣布说：“你们必须知道，你们都犯了滔天大罪，所以必须加以惩罚。你们一定会问，我有什么证据，证明你们犯罪。我告诉你们，我就是上天的灾祸，如果你们没有犯罪，上天为什么派我来屠杀你们？”（《中国人史纲•第二十六章》）
这一屠杀的理由，适用于被征服的辽、西夏、金、宋等所有国家。
中世纪波斯人所著《世界侵略者传》记载：蒙古军在每次攻城前，成吉思汗“先使人喻其主来降，其喻降语颇简略，而殿以是语云：‘设汝不降，将来之结果仅有上帝知之。’”如果立即投降的城邦，必须交纳所有财产的十分之一，并将十分之一的人口编入蒙古军或独立部队，名为“签军”，强迫他们随大军作战。而一旦城邦拒绝投降，蒙古人攻城行动开始之后，即便据守城池者再请求投降，也必定遭到血腥屠杀。胜利的蒙古人会将俘虏的所有工匠做奴隶，然后将其余居民驱赶到城外统统杀死。大屠杀使很多小城市的军民感到恐怖，一听说蒙古军来到，便开城投降。但据《多桑蒙古史》记载，不少主动投降的城邦，依然要遭受被蒙古军屠城的厄运。其中大城市不下50座，小村庄不计其数。此书中说：
“蒙古兵多用诈术，不惜为种种然诺，诱敌开城，城民之过于轻信开城乞降者，蒙古兵则尽屠之。虽先发重誓，许城民不死，亦然。凡大城皆不免于破坏，居民虽自动乞降，出城迎求蒙古兵之悲悯者，仍不免于被屠。盖蒙古兵不欲后路有居民，而使其有后顾之忧也。”
总之，凡是成为成吉思汗下一步进兵路线的后方基地或回师必经之路的城邦，不论它是接到成吉思汗喻令后投降还是主动乞降者，一概屠城，以彻底清除隐患。根据蒙古国的战争法则，战败者的眷属财产皆为胜利者所有。所以“设在一地丁口繁众，蒙古兵则除其所欲保存者外，余尽杀之。设其留存若干以供攻击其同国人之用者，退兵时仍不免于一死。”士兵们通过屠城来杀死失败者，以便得到失败者的全部眷属和财产。而那颜（蒙古部落酋长的称呼）和可汗们则通过抢掠宫殿和盘剥部下贡献来积累财富。
陈志平所著《中华通史》记载：蒙古军先后征服欧亚数十个国家，每破一城，绝大多数人民尽皆屠杀，所有财物尽予劫取，只留下特殊技能人士、工匠与俊美男女儿童供其利用与玩乐。许多人口超过百万的城市沦为废墟，人烟断绝。蒙古军攻下花剌子模国旧都玉龙赤杰，一次就屠杀120万人，平均每一名蒙古兵杀24人。成吉思汗攻打巴曼，其爱孙中箭身亡，城破，下令将城中居民全部杀光，鸡犬不留。拔都率军第二次西征，攻入莫斯科城，每杀一人割一耳，共割了27万只人耳。破波兰与日耳曼联军，割人耳9大囊。攻陷布达佩斯，辱妇女，焚教堂，劫财宝，逢人便杀。公元1254年，蒙哥遣大将札喇台征高丽，所过城邑尽成灰烬，俘男女206800余人，杀人无算。1255年，旭烈兀奉蒙哥命讨伐木剌夷（此即蒙古的第三次西征），共攻克大小堡垒数百个，包括不战而降的城池40余座，旭烈兀下令不分男女老幼尽皆屠杀。大食国都报达开城投降，蒙军屠城7天，将全城80万居民杀个精光。
蒙古军在入侵南宋之前，成吉思汗还弄不清中原被征服之后，那众多的人口有什么用，他手下的将领建议按照西征时的老办法处理，因为这些定居农耕的中国人不适应流动性很强的战争，把这几千万杀掉，可以腾出广大的土地作为蒙古骑兵的牧场。但成吉思汗的杀光政策被宰相耶律楚材所阻止。耶律楚材是已经完全汉化的契丹贵族，他对中国有全面而深入的研究，他阻止成吉思汗进行大屠杀的理由是，征服中国之后，每年可以得到银五十万两、帛八万匹、粟四十余万石。成吉思汗这才明白，把中国人留下原来还有这么大的用处。但不推行杀光政策，并非就禁绝屠杀，蒙古军征服南宋与建立元朝后，不断有屠城的暴行。查阅《元史》，蒙古军（后为元军）攻下某城，“屠之”的字句达十多处之多。如：
“木华黎攻密州，屠之。”
“木华黎克岢岚、吉、隰等州，进攻绛州，拔其城，屠之。”
“广宁刘琰、懿州田和尚降，木华黎曰：‘此叛寇，存之无以惩后。’除工匠优伶外，悉屠之。”
“甲寅秋，复分兵取附都善阐，转攻合剌章水城，屠之。”
“进兵围肃州，……帝怒城久不下，有旨尽屠之。”
“伯颜军至常州。……宋兵大溃，拔之，屠其城。”
“遂招谕永清，不降，拔而屠之。”
“十年正月，遂破樊城，屠之。”
“十二年，红巾有号芝麻李者，据徐州。脱脱请自行讨之，……辛卯，脱脱复徐州，屠其城，芝麻李等遁走。”
……
所谓“屠之”，乃屠灭之意，也即城市被攻克之后，将城中的百姓全部砍头。一个简单的“屠之”背后，是刀起斧落、人头乱滚，男女老幼惨叫嚎哭，甚至连哭叫之声还没来得及发出，头颅已被砍下。而面对此惨状，那些野蛮骠悍的蒙古军正在哈哈大笑，数头邀功。柏杨《中国人史纲•第二十七章》写道：“像兴化（福建莆田）不过一个小镇，上世纪（十三）蒙古兵团攻陷它，全城男女被屠之后，就血流有声。”《元史》中对于屠城时斩杀百姓的数字，大多没有记载。但从元军攻克兴化后，“巷战终日，斩首三万余级”，攻克漳州后，“斩首数千级”（《元史•第十六》），等零星的记述来看，蒙古国在征服中国的过程中，杀人的数字肯定十分庞大，不亚于近现代任何一次外敌入侵。
