二零一三年一月初，在发生《南方周末》事件的同时，《炎黄春秋》网站也突然被封，引发风波，官方解释是更换服务商和备案问题所致。一月十日，网站又开通。九十岁的社长杜导正一月六日在北京接受亚洲周刊访问时说：“据我们的了解和分析，《炎黄春秋》网站被关闭，不论是服务代理商的技术问题，还是工业和信息化部下属的某个部门问题，还是北京市政府的通信管理部门的问题，可以说绝对不是习近平和李克强的主张，我可以用‘绝对’这个词，绝对与习近平、李克强无关，也不是中央政治局常委主流力量的主张。”
据亚洲周刊报道，一月七日，《炎黄春秋》编辑部召开内部会议，就此事作了通报。《炎黄春秋》常务社长、总编辑吴思说：“我们最初都备过案的。既然他们承认是‘技术问题’，需要我们重新信息备案，我们就按手续办，他们说十个工作日办妥。代理商需要我们提供什么，我们就配合提供什么。究竟是通信管理局的责任，还是服务代理商的责任，我们只清楚的是，《炎黄春秋》没有任何责任。”
《炎黄春秋》网站被封，坊间传说是因为杂志刊登的新年献词，社长杜导正说：“我对这篇新年献词评价很高。是我们这几年的元旦献词中写得最好的一篇，有法律根据、有现实依据，很有分寸，既现实，又尖锐。是杨继绳写的，我们对一些字词作了改动。可以说，这篇新年献词，一个字的缺点都没有，一个字的错误都挑不出来。谁要是对这篇新年献词有意见，可以举行公开辩论，公开地干，而且干到底。对这篇新年献词，我们《炎黄春秋》，一个标点符号都不后退，要干就狠狠地干到底。”
杜导正说，《炎黄春秋》网站被封，与习近平、李克强的中南海主流的声音是不一致的。习近平、李克强他们绝对不会同意这样做，是下面的部门，或者北京市，甚至北京市下面的什么部门机构，或者是工业和信息化部的哪个单位，还是中共十八大前的思维。或者他们可能知道了一点什么信号，于是采取这种封网的手段。应该从大局考虑，支持习李体制执政。既然当局给了这样的台阶，说是技术问题，那就不要把它闹大，不要把这事情与《南方周末》事件扭在一起。这样对政府、对习和李继续往前进，并不有利。
杜导正说，现在保守势力、贪腐力量过分强大。他们甚至和黑社会、武装力量抱成一团，习李要推进改革，实在不容易，十三亿人经不起再折腾。更可怕的还有一个现象，即相当部分百姓对官场贪腐现象不以为然，认为他们贪污他们的，只要平民过得还可以就行，各走各的路。井水不犯河水，你不要欺负我太甚，我绝对不作反。老百姓这种情绪，又增加了改革难度。
