2000年1月，《南方周末》灵魂人物、主编江艺平被调离，其后分管南方周末旗下的“21世纪报系”。
2001年5月，《南方周末》因调查报道张君案被大规模整肃，常务副主编、代理主编钱钢被调离，副主编陈明洋被撤职。
2003年3月13日，创刊不久的《21世纪环球报道》突遭停刊，江艺平再次被打压。
2003年3月，《南方都市报》率先曝光SARS疫情，事后总编辑程益中被降职处理。
2003年4月，《南方周末》因朱镕基专版被整肃，第1000期被迫“开天窗”。广东省委宣传部新闻处处长张东明出任主编，报社出现编辑记者辞职潮。
2003年4月，《南方都市报》报道孙志刚案，收容遣送制度终被废除。
2004年1月，《南方都市报》总经理喻华峰、编辑程益中等四人被广州执法部门以经济犯罪之名逮捕，喻等人被判刑，“南都案”轰动一时。
2005年12月，参与创办南方报系的总编杨斌和两名副总编孙雪东、李多钰被免职（三人均来自南方报业），约一百名报社员工罢工抗议。
2008年4月，《南都周刊》主笔长平因发表评论《西藏：真相与民族情绪》被免职，调任研究员。
2008年12月，江艺平再次被剥夺权力，调离《南方都市报》。
2009年11月，《南方周末》对美国总统奥巴马的独家专访内容疑遭大幅删减，报纸再次“开天窗”。
2011年1月，长平被南方报业解聘。
2011年3月，《南方周末》著名评论员笑蜀被南方报业除名。
2011年9月，《新京报》被北京市委宣传部接管。
2012年5月，庹震出任广东省委宣传部长，加强审查和监管南方报系。
2013年1月，《南方周末》新年献词事件爆发。
