1978年，波布同意效仿中国式的个人崇拜。中国为波布印刷了数万份彩色“领袖像”运送金边，层层下发到柬埔寨全国的村庄和劳动营。1978年的年中，柬埔寨各地都张贴起“领袖像”，让民众第一次见识了这位扼住柬埔寨咽喉的神秘者。“领袖像”惊呆了几个柬埔寨平民，他们是波布的大哥沙洛生（Saloth Seng）、姐姐沙洛荣（Saloth Roeung）和弟弟沙洛内布（Saloth Nep）。在波布家乡磅通省（中部大区43号分区）的泼瑞克斯博村（Prek Sbou），沙洛内布在劳动营里看到了“领袖像”大为惊讶，他说：“当时我看到那个领袖像，我认出了那是他！”那“领袖”不是什么波布，他是沙洛沙。在红高棉政权时期，沙洛内布也被迫在劳动营做苦役，早出晚归，只有稀粥糊口。沙洛内布认为沙洛沙导致他全家受苦，“我非常生气，（沙洛沙）他做了那么多的坏事。”但沙洛内布没有告诉任何人那“领袖”就是他的哥哥，可是慢慢地有很多村人还是知道了他们是胞兄弟。在另一个村庄的沙洛生说，那天在集体食堂里看到“领袖像”，他大喘气而且感到头脑混乱，想不到竟然是他的弟弟沙洛沙在祸害着这个国家！他认为“这伤害了我的心”，他感到恐惧并保持了缄默。两个兄弟的做法可以被看作朴实也可以说是智慧，而当地的村民都倾向于认为波布的亲人不应该因波布的邪恶做为而受到牵连。
还有一个沙洛沙的早年同事（也是靠隐瞒教员职业而逃过了屠杀）也认出了“领袖”是谁。这同事说：“他（沙洛沙）以前是朴实的、愉快的和有礼貌的人，他想的很多但是很少说出来。”沙洛内布也说：“他（沙洛沙）在孩提时是个好人。他从不争辩。看到有人吵架时，总是悄然离开。他也不喜欢跟别的孩子一起玩耍。”世人难以把一个早年的礼貌温和的人与一个现今的嗜血怪物，连接起来。
直到1976年，河内并不知道红高棉内部的“亲越派”正在遭到清洗，原柬共的重要人物高莫尼、高米斯、尼沙兰等人已被消灭，农苏恩和超过200名他的战友们也被粉碎了。到了1978年2月，河内开始宣称红高棉是“柬埔寨的反动势力”，这意味着河内对红高棉的立场发生了激烈的改变。促使河内激烈变化的重大原因之一是：越南人通过柬埔寨囚犯和难民的叙述，还可能通过柬埔寨东区的消息渠道，终于知道了红高棉不仅大规模屠杀柬埔寨人民，竟然还屠杀了滞留在柬埔寨的越侨2万人。这不可避免地引起了越南共产党的震惊和愤怒，因为越南人极具民族意识。实际上，红高棉杀死的华人至少是越侨的二十多倍，中国明知无视，反而包养红高棉。有调查者说：“越柬战争的起源是两万越侨在柬埔寨被杀。许多人不相信这个简单事实，但这是我几进越南、遍访越南各地之后得出的结论。……越南之所以出兵柬埔寨，并不是越南有什么称霸野心，确是因为红高棉杀害了两万越侨，不管这些越侨的阶级成分是什么，他们都被越南共产党称为同胞。”此时，河内开始制定计划，越南外交部长武衡（Vu Hoang）提到：“一个选择是使红高棉内部的健康力量获胜，另一个选择是强制性地结束波布的统治。”河内的计划还包含在柬埔寨建立一个亲越政权的意图。1978年2月中旬，黎笋、黎德寿在河内会见了逃到越南的原红高棉干部。越南人把这些柬埔寨人组成一个抵抗波布政权的团体，包括在越南培养的高棉裔军事专业人员。这时，“培训柬埔寨人的军事训练营在越南南部建立了。”1978年3月，以原柬共“柬埔寨人民革命党”为核心，在越南组成了柬埔寨人的抵抗组织，1973年逃离红高棉的彭索万担任抵抗组织的主席，几个月前逃到越南的洪森也是抵抗组织的领导成员之一。4月初，河内官方发表了两个长篇文件：关于越柬边界谈判过程和关于柬越两党历史关系的回顾，指出红高棉是从柬埔寨共产党手中窃取了政权的叛徒。4月22日，柬埔寨抵抗组织在越南南部组建了自己的第一支武装部队。
1978年上半年，在柬埔寨，柯袍指挥他的中部大区军队继续清洗东区。他的清洗“成绩”之大，导致波布等人认为越南之所以成功袭击了柬埔寨东部，是因为那里有着大量的“亲越南”的人民。1978年3月到5月间，东区的干部和民众遭到大规模杀害。在东区，索平是一个受欢迎的人物，他似乎知道将发生什么事，却未使用他的力量去阻止。从1978年3月起，第三波大清洗开始了。3月25日西部大区首领周杰特被逮捕押进S-21。周杰特是个忠心的革命份子，也是老资格的反法战士，他比较关心西部人民的生存，不愿实行塔莫、柯袍的那种暴政。他的妻子音南是西部大区32号分区（原实居省）的柬共首领，她曾在60年代为藏匿在森林里的波布煮饭。她和周杰特同时被捕，她受到酷刑，可怜地被逼招供她在为波布煮饭的那时期，曾两次企图在波布饭食里下毒，但都未成功。随后，西部大区37号分区（原国公省）的首领少康（Sau Kang）等人被捕。大量的西区干部、军人和民众被就地处决。西南大区的干部涌入西区，接管了政权。现在，塔莫已经趁机取得了好几个大区的指挥权。
1978年4月间，被送到S-21的囚犯太多了，有些囚犯未经审问就直接送去处决了。1978年5月中旬，柯袍邀请东区部队的指挥员，包括索平直到营级干部，一起来参加一个大会。会场周围驻扎着柯袍的坦克和步兵。此时索平可能觉得事有不妙，因此没有出席这个会议。柯袍部队把出席会议的人全部逮捕，并当场枪杀了一些人，把东区第20、21、22部队的指挥员和党首领都押送到S-21。几天后，柯袍又送了一个通知给索平，邀他出席另一个会议。索平派了几位部属去了解柯袍的用意，他们也都被柯袍当场逮捕。部属的一去不返使索平知道自己正在被谋害。但索平不愿相信波布是这一切行动的背后主使，他自我搪塞，情愿想象宋成和柯袍是主谋。但东区的红高棉干部和军人开始自发地抵抗清洗，其中的一个地区级干部谢辛（Chea Sim）鼓动民众逃往森林，东区地方部队第四师指挥员韩桑林（Heng Samrin）也组织力量对抗柯袍。5月10日波布在广播里呼叫“不仅要消灭5千万越南人，而且要净化柬埔寨人。”5月25日柯袍部队袭击了东区地方部队，遭到激烈的战斗反抗。5月31日索平决定亲自到金边去向波布解释和求情。当他抵达金边城外时，波布派出金边警卫部队来追捕他。索平只好乘吉普车逃离，在一个寺庙里避难。6月3日，在一队300人的金边警卫部队围捕索平时，东部大区首领索平，这位坚定的反法战士、柬共中央重要成员、“民主柬埔寨”国家第一副主席，开枪自杀了。随后，索平的妻子和孩子们全被屠杀。从1950年那时起，索平一直小心翼翼地维护柬埔寨东部与越南的地缘友情，也是他在1963年把波布推上了柬共总书记的位置，波布由此发迹。
宋成代理东部大区首领。农谢代理S-21的操作。柯袍部队和东区地方部队之间的战斗持续了几个星期，柯袍部队破坏了东区全部的军事基础。塔莫的西南大区干部涌进东区接管了政权。东区干部纷纷穿越密林逃到越南。谢辛带领一些民众逃往越南，韩桑林也率部分部队投奔越南。这些人在越南都加入了“柬埔寨抵抗组织”。此时，红高棉对柬埔寨人民的无尽蹂躏，使东区人民、也让全国人民把苟活的唯一希望投向了越南，而他们之中并没有谁从一开始就清醒地把红高棉视为恶魔。1978年6-7月，在针对东区的“庞大、不分种族、不分军人或平民的清算行动”中，柯袍和塔莫把所怀疑的整个村子灭绝。当时年仅16岁的红高棉兵养萨利（译音）作证说，他在1978年6月与同伴们在东区奉命杀害了1万多名被指为“亲越南”的村民，他说：“我喝下一大杯混合了一挂人肝的烈酒之后，便整天不停地开枪杀人。”整个东区被屠杀的人民至少有25万。剩下的东区村民，不论是“4-17新人”还是当地“旧人”，都被通知必须离开东区和将被安顿在另一个大区，很多村民在押送途中就被杀害，剩下的在抵达西南部和中部大区后被杀掉。一个东区村民说：“东部的居民被指控集体背叛，由西南干部控制了东部地区，人民成为囚犯，每天被迫工作20个小时，他们被残忍地杀死。以后，我所在村庄的居民们被迁移到中部地区磅占省，然后，几千名迁到那里的东区村民都被打死了。”到了1978年9月，整个东区已被“扫得一干二净”了。这种针对东区的集体杀人行为已经不是解决共产党内部斗争的问题，而是像通过消灭很大一部分人口来消除波布和“党中央”的怀疑和恐惧。
在东区的大规模清洗和索平覆灭，使河内得出的结论是：对红高棉施实先发制人的军事行动已不可避免。
在去年（1977）1月-5月的旱季，红高棉“党中央”曾下令在西北部建造一个水坝，据说可以灌溉2万公顷的农田，水坝由中国援柬人员设计和主持建造，但是它愚蠢得没有构建任何溢洪道。水坝的全部劳动由柬埔寨民众承担，没有推土机拖拉机等机械设备，民众象蚂蚁一样挖石、铲土、挑筐，从天不亮一直劳动到半夜。水坝终于以大量劳工的过度劳累死亡为代价完成了。但在1978年的雨季来临时，这个水坝崩塌了。“党中央”断定是“内敌”破坏了水坝，于是新一轮的恐怖清洗在西北部展开。
1978年6月11日“民主柬埔寨”国家第二副主席、西北大区首领三巴特被捕。同月，国家橡胶园部长冯（Phuong）被捕。他们的亲朋和部属也一连串地被逮捕了。这些人很快都被处决了。同时，以前没有受到清洗影响的群体也成了目标。甚至是被认为忠心耿耿的西南大区，也有大量的人被逮捕。至此，柬共中央委员会已遭毁灭，国家各部委的领导人几乎都被逮捕或处决了。除了塔莫和柯袍两人之外，各大区的首领和副首领们也都被逮捕或处决了。无数的分区、区域和乡镇级干部、以及各层级的军事干部都被粉碎了。有估计说，被大清洗杀掉的红高棉党内的干部和军人的数目超过了10万人。根据仅S-21就“粉碎”了1.6万人的数字来看，那个估计不离谱。到了1978年11月2日，在红高棉党中央只剩下几个人是：总书记波布（统帅全党和军队）、中央常委英萨利（负责党务和外交）、中央常委温威（负责经济和农业）、中央常委宋成（负责国防）、党中央副书记农谢（负责宣传）、党中央副书记塔莫（负责几个大区政权）、社会行动部长英提丽特（负责文化和卫生）。到此，红高棉内部的“亲越帮”和“亲中帮”被灭绝，“本土帮”除了温威、塔莫和柯袍三人之外也都被消灭了，只有“留法帮”的人在掌权。
波布反复发动大清洗的结果是：其一，红高棉政权的政治基础和统治能力基本上被摧毁，红高棉军队被极大地削弱，“党中央”对各地区的行政管理已失效，幸存的干部和人民思投越南。其二，在1960年组成柬共中央委员会的杜萨木、克多恩、农苏恩、山玉明、高米斯、索平、尼沙兰、提欧、都恩都被消灭了，柬共历史的知情者也都被消灭了。柬埔寨“革命”的过程、“柬共”与“红高棉”之间的关系被重重谜雾所笼罩。这难道仅仅是波布为了给自己的猜疑和妄想提供证实？抑或只为了加强他的个人权力？这与1962年杜萨木神秘失踪有关联吗？波布到底在恐惧什么？如果换另一种视角来看，大清洗的客观事实是：柬埔寨共产党被有步骤地灭亡了，它被另一个组织“红高棉”取代了。这也许可以构成一个阴险的概念：即完整地消灭柬共是持续大清洗的终极目的。
不断寻找“内敌”，大清洗从民间到党内再转回民间，从下层牵扯上层、再反转株连下层，形成循环，无人可以逃避。实际上红高棉的滥杀同胞和大清洗，都起源于一种“内毒素”，即自我摧毁机制：如果恐惧和威胁一直存在，强迫性的抵御反应就会持续下去，机体终将衰竭。因此，S-21不单纯是个保卫机构，而是在自我摧毁机制运行时必然会出现的一个谋杀机器。如前所述，具有持续作用的“内毒素”正是“毛泽东主义”的重要组成部分，任何毛式政体都无法避免它。
大清洗愈演愈烈，层层株连，走入混乱。红高棉干部梅曼（Mey Mann）后来对研究员史提夫•赫德指证道：“（大清洗）每个人都在诬告某人通敌，而每个人都不懂正在发生什么事。”到了1978年，大清洗使整个红高棉组织濒临了绝境。连柯袍也产生了很大担忧，可是他不敢与波布谈，于是他向英萨利诉说：“大清洗破坏了我们的基本的政治基础，问题产生了，但我们不知道应该做什么。”英萨利的表现令人迷惑：英萨利犹豫着回答说他也不知道该怎样做，因为“中国的文化大革命也面临过这些问题”。于是柯袍给出了一个接近事实的结论，他对英萨利说：“我相信波布同志从1975年以来被误导了。当我们执行（社会革命）新政策时，人民受到饥饿，外国帮助被拒绝，农村合作社被迫承担了过度的劳动。”问题是：波布被谁所误导和为什么会被误导？什么样的误导能给柬埔寨带来如此巨大的伤害？虽然，柯袍此时还不清楚有关红高棉“社会革命”的最隐秘事情，但他意识到波布的“新政策”可能来自于外源性误导。
席卷柬埔寨的大清洗并未达到波布臆想中的“胜利”结局，反而导致河内考量直接结束不可理喻的波布政权。在稍微沉寂了几个月之后，波布病态般地再次发动新的清洗。出人意料的是，波布的杀机指向了他自己的亲信、副总理温威。1978年11月5日上午温威在“党中央”大楼里突然被逮捕。
温威是个大胆而快乐的汉子，脸上永远带笑。他原是个学生领袖，50年代在东部乡村木屋里偶遇波布，从此被拉入柬共，成为红高棉“本土帮”的首领人物。温威聪明能干，忠心耿耿，长期主掌地下工作，对红高棉“革命”有着特殊的功勋。他与波布、英萨利、宋成情同手足，组成红高棉核心圈的“四人帮”。在温威被捕的同时，工业部长程安（Cheng An）、通讯部长梅鹏（Mey Preng）和高级干部克优（Keu，又名Ta Keu）也被捕，这3人都是温威的重要助手。温威的罪名是“为中国、越南工作”和“企图政变”。当时，所有的“内敌”都被安装了“越南密探”的罪名，这并不奇怪。奇怪的是温威的“为中国工作”罪名，这可能是指几个月前温威到中国去请求紧急援助后，回到柬埔寨说过一些话称赞了中国社会回归常轨、中共新领导层的宽松务实政策。那正好击中了波布的心病和猜疑。如果再联系到温威“企图政变”的罪名，可以看到波布对中国发生的抓捕“四人帮”的真实态度，尽管现在波布正迫切地向中国寻求援助。
柯袍看到了温威被捕，他说：“当我们在中央委员会大楼里出席第5次会议时，人心都有瓦解的感觉。会议结束后，波布要我留在那里等着看一部电影。我感到惊讶，我决定呆在中央委员会大楼里。早上，他们突然逮捕了温威和克优。之后波布来问我是否看到了电影。他所说的电影，事实上就是逮捕温威和克优的实况。他们指控温威为中国和越南工作，并且预谋政变。”
在S-21，温威被迫诬陷自己和索平都是秘密存在的“柬埔寨劳动党”（WPK，原柬共）成员，他也承认在1977年曾私下发泄对中国模式的向往：“如果柬埔寨人民能够各自生活，像中国那样，在自己的家庭里进餐，他们将会很开心。”几天后，温威、克优、程安和梅鹏在S-21里被处决，埋在土坑里。十天之后，农谢指示S-21挖出温威尸体，对腐烂尸体拍照，照片被送给“上面的大哥”。无人知道为什么波布要再看看一生追随他的兄弟——已经开始腐烂了的温威。
现在，红高棉的中低层的大部分干部已被清洗，被视为逮捕目标的高级干部也越来越少。随着整个国家的形势日趋恶化，残存的红高棉干部都疑团重重。无人知道自己是否将是下一个“内敌”？吞噬一切的迫害会在何时结束？一个有经验和自信的共产党或许有能力在清洗运动失控时克制它，而红高棉不能，因为被敌人团团包围的恐惧感围困着“党中央”。一个被捕的干部在招供文里哀怨地问：“如果安卡逮捕每一个人，那还有谁能留下来进行革命呢？”一个囚犯干脆写道：“安卡是在放狗屁！”波布所自称抓住的“历史轮轴”已经无法变更地在转动着粉碎每一个柬埔寨人。然而，波布还在反复恐吓全国说：“党有着菠萝那样多的眼睛。”
