1922年，吴佩孚再次立大功，他在第一次直奉战争中大败奉军。
之前直系内部面对奉军优势军队，都大为恐惧，甚至出现本文开始那一幕。
吴佩孚从容不迫的行为稳定了军心，曹锟将信将疑的将大军交给吴佩孚，战争结果让所有人都非常吃惊。
吴佩孚像古代的诸葛亮一样运筹帷幄，他了解奉系大军的弱点，知道他们虽然兵精粮足，装备很好，但中低级军官多是土匪马匪，都没有受过正规战争的训练，战斗力其实是有限的。
吴佩孚认为奉军这种部队只能打顺风仗，不能打逆风仗。他命令直军一部主力在正面战场和奉军激战，目的是吸引奉军的注意力，另外一部精干部队则包抄奉军后路，切断他们的补给线。
于是正面战场直军经过固安战斗、永清战斗、长辛店战斗、霸县战斗等战斗，虽然伤亡不轻，却成功的将奉军主力吸引过来。
那边直系精兵迂回数百公里，一举击溃奉军虚弱的后卫部队，切断了奉军补给线。奉军大将第十六师邹芬见事不好，立即临阵倒戈。
此时奉军主力其实并没有太大损失，只因为他们中低级军官大多无能，发现补给线被切断以后，奉军立即全军自发崩溃。
张作霖放弃河北河南全线溃败，吴佩孚率领一路紧追，还命令直系海军和空军在渤海湾沿岸猛烈攻击撤退的奉军，打得撤退中的奉军人仰马翻，连张作霖也差点在秦皇岛被海军火炮炸中。
奉军狼狈溃败回山海关外，建制还保存完好的仅有2万多人，剩下10万大军不是被歼灭被俘，就是一窝蜂的冲出山海关跑得没影子了。
直军继续追击，却被奉军中最有战斗力的郭松龄部阻挡，暂时不能前进。
按照吴佩孚的意思，只要再激战几天肯定能击溃郭松龄，随后直军攻入东北，就可以占领东三省。
此时直系后台老板英美列强和奉系后台老板日本人纷纷反对，当时直系大部分军火物资都依赖于英美秘密提供，如果英美停止供应他就无法打仗。吴佩孚被迫停止追击，没有继续进军关外，这也是民国历史上罕见的以弱胜强的大胜。
此战让吴佩孚的名望达到顶点，也毫无争议的成为直系军阀的领袖。
此后，直系成为中国最强大的军队，仅仅直属部队五个师和一个混成旅十余万人，控制着直隶、陕西、山东、河南、湖北等省地盘。
吴佩孚的司令部设在洛阳，这个地方也成为中国的行政、军事中心。
当时全国有18个省的督军、总督的代表机构就设洛阳，洛阳成为各方所仰望的中心，被时人称为西宫。
吴佩孚五十寿辰时，全国各地来洛阳向他祝寿的达官显贵、文化名人及各国驻华使节就有六七百人之多。由于吴佩孚当时已成为北方实力最大的军阀，洛阳实际上成为了北方的政治、军事中心。按曹锟所言：只要洛阳打个喷嚏，北京天津都要下雨。
如果说吴佩孚之前都是一帆风顺，那么下面就开始走霉运了。
利欲熏心，大势已去
1923年2月他镇压了共产党领导的京汉铁路大罢工，处死了共产党员施洋、林祥谦。为此，吴佩孚背上了一个屠杀工人的骂名。
10月，一心想当民国合法总统的曹锟先挤走了徐世昌，又吓走了黎元洪。吴佩孚对这个老长官的所作所为非常不满意，他认为奉系还没有被消灭，随时可能进攻关内，这种情况下更应该整军备战。所以直系内部一定要团结，不能自相残杀，不然就是重演太平天国的历史。
可惜此时曹锟已经被大总统的美梦冲昏了头，他再次不顾吴佩孚的强烈反对，以每个议员5000大洋的贿赂，买通了大量的国会议员，又以40万元的高价，收买了国会议长。曹锟共用去贿赂款1350余万元，成为大总统。
此件事情很快被媒体曝光，全国舆论都起来嘲笑攻击直系。吴佩孚对此非常愤怒。虽然他仍然支持这个老长官，不过对曹锟的信任已经下降。
没想到曹锟还接二连三搞出花样来。他为了沽名钓誉，再次通过贿赂，让国会通过一部曹锟宪法。这部曹锟宪法本身倒是一部非常优秀的民主宪法，但关键这是曹锟使用贿赂才搞出来的东西，自然又被舆论大肆攻击。
随后，曹锟居然又莫名其妙的认为天津话是中国最优美的语言，准备立法将天津话定为国语（曹锟是天津人）。
在曹锟倒行逆施，胡乱施政的情况下，直系的财力军力受到极大消耗。
而此时奉系已经卧薪尝胆2年之久，购买和制造了大量武器。甚至张作霖为了增加中低级军官能力，特别办了一个东北讲武堂，可谓用心良苦。
此消彼长，1924年第二次直奉战争爆发了。
此时的吴佩孚也犯了一个错误，表面上他有20万大军，张作霖入关的只有15万人，似乎直军占优。实际上奉军此时的战斗力已经远远超过直军，更让吴佩孚无法估计到的是，他麾下大将冯玉祥已经暗中被张作霖收买，而之前被击溃的皖系军阀也同意和奉系联手。
两军开始在热河省境内激战，吴佩孚亲率10万大军血战张作霖15万军队。由于奉军上下对吴佩的威名都深感恐惧，不敢过度的进攻，主要以防御为主。两方激战近一个月，不分胜负。
此时吴佩孚的后方却出了大问题，在长城一线奉命北上增援的冯玉祥先是按兵不动。随后冯突然率领他的3万多西北军离开长城口南下，宣布背叛直系。
当时控制北平的又是冯玉祥的大将孙岳。这样一来，直系老巢被冯玉祥一下子抄掉了。通过行贿上来的直系大总统曹锟也被冯玉祥活捉囚禁。
在热河前线激战的吴佩孚得知北平被冯玉祥占领，补给线也被切断，大惊失色。他立即率部返回河北试图夺回北平。
张作霖岂是吃素的，奉军随即全线追击，在热河的直军已经无力抵挡，奉军从冷口杀入长城，将大部分直军包围在关外。
而此时直军回到河北的部队又被冯玉祥的西北军迎头痛击，站不住脚。
见吴佩孚大势已去，四面的军阀都来捡便宜。山西军阀阎锡山出兵京汉铁路，占石家庄，山东皖系将领郑士琦出兵津浦铁路，占德州，阻止鄂豫直系援军北上。
吴佩孚受奉军，西北军，皖军，晋军四面夹攻，在华北的主力全部覆灭。
此时以前的敌人皖系军阀头子段祺瑞还算讲点情面，他派人给吴佩孚送了一封信，要吴佩孚赶快从塘沽离去，他已经安排了战舰让其逃走，并且许诺会救出曹锟。
11月3日上午11点，吴率残部两千余人自塘沽登军舰南逃，回到长江流域，盘踞湖北湖南几省。10多万直系大军就像风吹落叶一样，一下子覆灭了。
这是吴佩孚人生第二次遭受重大打击，直系经过此次决战也一蹶不振，再也没有恢复到全盛时候的样子。
好在1926年4月9日，曹锟被冯玉祥部下鹿钟麟释放，他赶忙到河南投奔吴佩孚。两个几十年的老朋友见面，面对凄凉的现状都无言以对，由于当时北伐军已经全线北上，吴佩孚也朝不保夕。曹锟随后前往天津老家寓居，1938年5月17日因病去世。
败退到湖南以后，吴佩孚并不死心。他派人向张作霖游说，指出冯玉祥的种种拥兵自重行为。张作霖此时也对冯玉祥渔翁得利，占领河北，河南几省极为不满。
于是奉系同意和直系联手，两军夹击冯玉祥的西北军，几乎将其全部歼灭。西北军全线溃败出中原，冯玉祥也被迫下野。
这样一来，直系的光景又开始扭转，似乎有复兴的希望了，可惜这只是水中楼阁而已。
1926年7月9日，以蒋介石为总司令的国民革命军在广州誓师北伐。这个北伐军是拥有三民主义信念的革命军队，不再是以前那些军阀部队了。
北伐军的首要目标自然是盘踞华中的直系残部，他们的口号也是“打倒吴佩孚，联络孙传芳，不理张作霖”，北伐军首先攻入湖南湖北。
此时的直系已经是日薄西山，吴佩孚勉强组织了10万大军对抗北伐军。
吴佩孚只为军饷作战的军阀部队，根本不是抱着统一全国，复兴中华信念的北伐军的对手。
直军在湖北和北伐军激战1个多月，最终直军惨败，湖北全境被北伐军攻占。
吴佩孚无奈，率领残部退往河南。经过此战以后，直军主力基本被北伐军歼灭，直系也完蛋了。
随着张作霖在皇姑屯被炸死，吴佩孚也宣布下野，从此脱离军界，当时他54岁。
晚年
1932年1月31日吴佩孚到北平定居什锦花园颐养天年。由于当年的名气，吴佩孚受到当时控制北平的张学良的优待，他却已经没有复出的兴趣，平时以种花、养鸟、著作、研究佛学安度晚年。
吴佩孚同第三个妻子张佩兰的感情非常好，奇怪的是张佩兰也始终没有生育。1923年，吴佩孚在洛阳过五十大寿的时候可谓风光无限，但吴佩孚回到卧室中长吁短叹。别人不知道什么原因，张佩兰却知道吴佩孚是痛感没有孩子。此时的张佩兰也有38岁了，两人在这十几年来打针吃药，看完中医看西医，吃尽了民间偏方，甚至求神拜佛，都全无作用。
很多人认为吴佩孚的三个妻子都没有怀孕，可能是吴自己身体有问题，但经过检查并没有发现吴佩孚有任何不孕不育的症状。
在1928年被北伐军击败转为隐居以后，吴佩孚不关心政治，开始很想要个后代。1929年3月8日，吴佩孚在大兴寺做五十六岁大寿，夫人张佩兰这时也已经四十四岁。张眼见自己不可能怀孕，亲自挑选自己一名丫环，劝吴佩孚收房做了小妾，这也是吴佩孚第四任夫人。
此时吴佩孚的年纪已经很大，在和这个小夫人最后的10年时间也始终没有让她怀孕。
最后吴佩孚终于放弃有自己的孩子，他决定以胞弟文孚的儿子吴道时为嗣，承续烟火。
一个显赫一时的军阀，最终也没有留下自己的后代。
30年代日军逐步入侵华北，北平的局势也非常动荡。当时日本人已经开始暗中扶持傀儡政权的计划，曾经是中华民国头号人物的吴佩孚和曹锟自然成为首选。
吴佩孚和曹锟两人虽然都是军阀头子，几根硬骨头还是有的，他们对日本人的拉拢熟视无睹。
日本特务头子荒木曾经提出提供步枪十万支、机枪二千挺、大炮五百门，子弹若干，此外并助款百万现款帮助吴佩孚东山再起。
其实只要吴佩孚愿意，他随便召集一下旧部，组织个几万人是没有问题的。
但吴佩孚却冷冷回答：我已经退休，还想多享几年清福，你们找其他人去吧。
吴佩孚一生比较清贫，从不贪污腐败，晚年家中没什么钱，主要依靠张学良赠送的房子和拨款为生。
九一八东北军不战而退以后，吴佩孚却毫不留情的当面问张学良：你在东北为什么不抵抗？
搞得张学良下不了台，随后再也不敢和吴佩孚见面，每月的拨款只让部下送过去。
日本占领东北以后，很快扶持溥仪建立了伪满洲国。吴佩孚立即通电痛骂伪满洲国和溥仪：伪称满洲独立国，实际为日本附庸，阳辞占领之名，阴行掠夺之实。
吴佩孚是老军阀，并不像新军阀一样唯利是图，有奶就是娘，他有很强烈的民族气节，也有民族荣誉感。
吴佩孚一生以关羽、岳飞和戚继光为榜样，他一再对家人说，中国人关起门来，怎么打都可以，但绝对不能忍受异族的侵略和侮辱。
1937年七七卢沟桥事变爆发，日军很快占领北平，也控制了华北很多地区。此时日本人急需要在华北扶持一个伪政权来控制局面，但他们手中只有齐燮元，王克敏，梁鸿志这类小角色。
日本人再次去拉拢吴佩孚和曹锟，并且开始威逼。
吴曹两人还是一个鼻孔出气，对日本人不理不睬。
1938年6月，伪华北临时政府与伪南京维新政府合并，迫切需要一个大人物来主持大局。
当时华北的汉奸中，地位最高的齐燮元不过是一个过气的江苏督军，跟吴佩孚无法相比。所以日军再次请吴佩孚出来当官，这个时期，吴家门口每天都是车水马龙，军警林立，日军高级军官及形形色色的汉奸说客络绎不绝，门前经常水泄不通。
在日本人强大压力下，吴佩孚没有丝毫屈服。他痛骂上门游说的大汉奸江朝宗“老而不死”，齐燮元“死无葬身之地”，还斥责汪精卫是“著名汉奸”“无耻下贱”。一旦日本人逼急了，吴佩孚就拍桌子，掷茶碗，盛气凌人，日本说客见此只好灰溜溜的逃走了。
1939年12月，吴佩孚因碎骨头嵌进牙缝引发牙痛，由一日籍牙医替其拔牙，引发细菌感染，于12月4日逝世。
关于吴佩孚的死因有两种主要的说法：被日本人害死；自然疾病死亡。（参见《是谁谋杀了吴佩孚？》）
1940年1月21日，国民党中央执行监察委员会公祭吴佩孚。1946年12月16日，国民政府为吴佩孚举行国葬，葬于北平玉泉山，由军事委员会北平行营主任李宗仁主祭。民国军政要员等近万人参加，并且追赠吴佩孚为陆军一级上将。
花絮：吴佩孚是个相当有内涵，也是相当自律的军阀。他遵从儒家的道德规范约束自己，
吴佩孚一生清廉，没有什么存款，也没有什么值钱的不动产和珠宝首饰，连晚年居住的房子都是张学良赠送的。他晚年仅仅依靠张学良每月馈赠的4000大洋维持一大家子的生活。董必武称：吴氏做官几十年，有过几省地盘，带过几十万大兵，他没有积蓄，也没有田产，相比与同时军阀腰缠千百万，总算难能可贵。
吴佩孚于1924年9月8日首次亮相美国《时代》周刊，是第一个上时代周刊封面的中国人。上海英文杂志《密勒氏评论报》的主编、美国人约翰·鲍威尔评价道：这个有着一嘴短短的红胡子，长脸高额，鼻相很好的直系军阀是中国最强者，比其他任何人更有可能统一中国。
