中国高层官员周一强调，“‘活佛转世’的最高决定权在中央”。而北京在这一问题上的强势立场长期以来遭到维权组织和达赖喇嘛的批评。
在转世决定权问题上，达赖喇嘛和官方宣称为“无神论者”的共产党争执不休。
达赖喇嘛担心，中共试图控制活佛转世，在他圆寂后推举新的、亲共的达赖喇嘛，帮助当局控制藏区。这位西藏流亡精神领袖曾在7月接受《纽约时报》采访时讽刺地说：“他们（中共）应该确认毛主席和邓小平的转世。然后，他们才有权参与达赖喇嘛的转世问题。”
与此同时，北京在转世决定权问题上非常坚决。中国政协民族和宗教委员会主任朱维群周一（11月30日）在《环球时报》评论中称，“中央政府对活佛转世事务的决定权不仅不能削弱，而且要进一步加强，以确保反分裂斗争的胜利”。
中国当局称，1959年流亡印度的达赖喇嘛是暴力分裂分子。这位1989年诺贝尔和平奖得主则否认信奉暴力，称只希望西藏实现真正的自治。
藏传佛教的“转世灵童”
“转世灵童”是藏传佛教特有的传承方式，在一名活佛圆寂后，寻找推举一名幼童为转世继承人。藏传佛教认为，灵童是前世活佛精神的延续，继承了前世的灵性。
中国当局表示，这一传统应该得到延续，而下一任达赖喇嘛的人选必须得到政府的批准。
达赖喇嘛则称，不排除结束达赖喇嘛转世制度，在其圆寂后不再寻找继任者。该说法遭到了中国官员的抨击，称“达赖无权终结转世制度”。
在其评论文章中，朱维群说，该问题“从来就不是单纯宗教事务，更不是达赖个人权利，它首先是西藏地方的重大政治事务，是中国中央政府对西藏主权的重要体现”。
他还称：“达赖首先是中国西藏地方的政治首领，谁掌握了达赖名号，谁就掌握了西藏地方的政权。正因如此，历代中央政府从来没有也不可能放弃对达赖转世事务的决定权，这不仅是必要的，而且是合乎法理的，与执政者信不信教无关。”
第十一世班禅争议
达赖喇嘛曾表示，其最大的担忧是中国当局出于政治需要指定其继任人选。
1995年在十世班禅圆寂后，达赖喇嘛选定了一名藏族男孩作为班禅喇嘛继承人。然而北京组织了自己的灵童寻访小组，选出了另外的班禅继承人。西藏流亡政府表示，此前被达赖喇嘛认定的转世灵童一直被中国政府软禁。
达赖喇嘛对于北京选出的十一世班禅不予承认，而路透社报道称，很多藏人也持相同观点。
