大清国在征服汉民族的过程中，对百姓的屠杀比蒙古军还要凶残。清军未入关之前，就对迁安、永平、锦州等地进行屠城，除将财物和少数妇女掠走之外，所有百姓全部杀死。清军占领北京后，摄政王多尔衮向全国发布了一道旨令：
“所过州县地方，有能削发投顺，开城纳款，即与爵禄，世守富贵。如有抗拒不遵，大兵一到，玉石俱焚，尽行屠戮。”（《清世祖实录•卷十七》）
有了多尔衮的“屠城宣言”，清军遇明军或农民武装守城拒敌，攻克之后即对当地百姓“尽行屠戮”：屠济南、屠大同、屠湘潭、屠江阴、屠昆山、屠嘉兴、屠常熟、屠海宁、屠广州、屠赣州、屠思明州（厦门）……清军铁蹄所到之地，大多遭到血洗。其中，清军在扬州、嘉定、广州等城的大屠杀最为疯狂。
清军在扬州的屠杀，史称“扬州十日”，也即接连屠杀了十天。顺治二年（1645年）四月，清将多铎率军进抵扬州，明尚书史可法率军守城拒敌，十天后扬州城被清军攻陷，多铎下令屠城，惨死于清军屠刀之下的百姓达80万众（一说72万）。亲历屠城之劫的王秀楚在《扬州十日记》中写道：
“一卒提刀前导，一卒横槊后逐，一卒居中，或左或右以防逃逸。数十人如驱羊犬，稍不前，即加捶挞，或即杀之；诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一蹶，遍身泥土；满地皆婴儿，或实衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。
行过一沟一池，堆尸贮积，手足相枕，血入水碧赭，化为五色，塘为之平。至一宅，乃廷尉永言姚公居也，从其后门直入，屋宇深邃，处处皆有积尸……”
“外复四面火起，倍于昨夕，予不自安，潜出户外，田中横尸交砌，喘息犹存；遥见何家坟中，树木阴森，哭音成籁，或父呼子，或夫觅妻，呱呱之声，草畔溪间，比比皆是，惨不忍闻……”
“魂少定而杀声逼至，刀环响处，怆呼乱起，齐声乞命者或数十人或百余人；遇一卒至，南人不论多寡，皆垂首匐伏，引颈受刃，无一敢逃者；至于纷纷女子，百口交啼，哀鸣动地，更无论矣！日向午，杀掠愈甚，积尸愈多，耳所难闻，目不忍睹……”
这种惨绝人寰的大屠杀，在《清史》中只是一笔带过：“拜尹图、图赖、阿山等克扬州，故明阁部史可法不屈，杀之。”
清军在扬州屠城后，多尔衮再次下剃发令：“遵依者为我国之民，迟疑者同逆命之寇”、“留头不留发，留发不留头”。并令剃发匠挑着担子四处奔走，强行剃发，稍有反抗，即将其头砍下，悬在竹竿上示众。这一狰狞可怖的命令或者说是杀人口号，彻底激怒了疲惫茫然的汉人，江南百姓奋起反抗，而江阴、嘉定两地的反抗尤为激烈。于是清军在攻陷江阴后，再次下令屠城，并宣布：“满城杀尽，然后封刀。”全城百姓172000人被杀，幸存者只有53人。清军攻陷嘉定后，由于当地军民的反抗，对该城进行三次屠杀，死者20余万人，史称《嘉定三屠》。嘉定人朱子素《嘉定屠城纪略》对清军的暴行做了如下记述：
“城之被破，在东关北偏第一铺，成栋（李成栋，清军将领）尚在东关外小武当庙中，辰刻乃开门入，下令屠城：约闻一炮，兵丁遂得肆其杀戮。家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱苇丛棘必用枪乱搅，知无人然后已。兵丁每遇一人，辄呼蛮子献宝，其人悉取腰缠奉之，意满方释；遇他兵胁取如前，所献不多，辄砍三刀，至物尽则杀。故僵尸满路，皆伤痕遍体，此屡砍使然，非一人所致也。予邻人偶匿丛筱中得免，亲见杀人情状，初砍一刀，大呼都爷饶命，至第二刀，其声渐微，已后虽乱砍，寂然不动。刀声砉然，遍于远近，乞命之声嘈杂如市，所杀不可数计。其悬梁者、投井者、断肢者、血面者、被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍，弥望皆是；投河死者亦不下数千人。三日后，自西关至葛隆镇，浮尸满河，舟行无下篙处，白膏浮于水面，岔起数分。妇女寝陋者，一见辄杀，大家闺彦及民间妇女有美色者生虏，白昼于街坊当众汗淫，毫不知愧，有不从者，用长钉钉其两手于板，仍逼淫之……
顺治七年（1650年）末，距扬州、江阴、嘉定被屠城五年之后，清军突破明军在两广的防线，攻陷广州，降清明将尚可喜，下令对顽强抵抗十月余的广州军民进行为期12天的疯狂屠杀。亲历这次大屠杀的意大利传教士卫匡国，在《鞑靼战纪》一书中写道：“大屠杀从11月24日一直进行到12月5日。他们不论男女老幼一律残酷地杀死，他们不说别的，只说：杀！杀死这些反叛的蛮子！”戴耘野《行在阳秋》记载：“初二日，清陷广州，屠之。……百万人民，尽死于内”。另有史料记载：“杀七十万人”。有史籍对遭屠城后的广州这样记述：清军攻破广州城，大屠杀的景象十分悲惨，市民几乎没留下活口。释真修法师曾被皇帝赐给紫衣，号为紫衣僧人，他招募劳役购买柴草，把那些开始腐烂的尸体运到东门外焚烧，死人的骨灰堆积如山，行人在二三里外望去，如同积雪。后来只好在旁边挖大坑掩埋，立碑刻字，名为“共冢”。
清军在征服中国的过程中，始终遵照多尔衮的旨令，所到之处，一遇抵抗，破城后不分军民，不论参加抵抗或未参加抵抗者，一律杀掉，并大肆掠取财物和妇女，焚烧房舍。据史学家统计，由于清军的疯狂杀戮和长期战乱，中国在明天启三年（1623年）熹宗末年，有人口5165万，到顺治十七年（1660年），也即大清国定都北京17年，基本攻占全国各省之后，中国人口只有1908万人，减少了3257万人。
清军对被征服者野蛮残暴的杀戮与掠夺，与成吉思汗的战争法则十分相似，但清军在中国境内屠杀的规模和人口数量，要远远超过蒙古军。当代的某些史学家、作家、编剧们为清王朝的皇帝老爷大唱赞歌时，不知是否想到这些被清军的屠刀所残杀的数以千万计的无辜百姓；不知是否想到，在当时，大清国与中国本是两个国家，清军侵略中国与二十世纪日军侵略中国并无本质上的不同。
自古以来，“胜则王侯，败则贼”的势利眼史观一直大行其道，于今尤甚。在持这种史观的史学家、文学家眼里，侵略战争无正义非正义可言，侵略者只要占稳了别国的国土，便是正义的，值得大书得书、热血沸腾地歌颂；只有那些被抵抗入侵的军民赶跑的侵略者，才会受到遣责。用这种史观看历史人物，嬴政、成吉思汗、努尔哈赤及其后代，都是伟大无比的英雄，每论及这些英雄，无不炫耀他们靠大举侵略、疯狂屠杀而扩张的版图如何之大，而对数以百万、千万计的被屠杀的生灵毫无同情之心，干脆略去不提。
